使用bash和grep -c对密码子进行排序和计数

2022-09-29
前端之家小编收集整理的使用bash和grep -c对密码子进行排序和计数内容,希望整理的这个开发编程问题使用bash和grep -c对密码子进行排序和计数能够快速解决!

代码问题

我有一个文本文件,其中包含多行密码子 每行都有一组三个核苷酸序列,可以是A,T,G,C,但一行中只有三个。 (例如ATC) 现在,我想编写一个while循环,该循环可以读取这些行并对其进行计数,并为我提供输出的密码子及其在文件中出现的次数从高到低的次数。

您不能在此循环中使用awk,而只能使用grep和uniq。 谢谢

问题答案

您可以结合使用grep(以过滤仅具有ATGC序列的行,对uniq进行排序和计数以计算不同行,然后进行额外排序以按从高到低的顺序排序

grep '^[ATGC]\+$' | sort | |  uniq -c | sort -k1nr

这将适用于合理大小的文件(确保

如果觉得前端之家所整理的内容很不错的话,欢迎点击下方分享按钮,转发给身边开发程序员好友。

编程问答


我正在尝试使用node.js,react和MongoDB将我的应用程序部署到Heroku;部署成功;但是,该网站无法从MongoDB获
里面的箱子有问题吗 <pre><code>case&#39;usal&#39;: d= (while(s2&gt;0)
我正在尝试从Wikipedia中查找页面列表的Wiki ID。这是我的想法,但是在打印“简介”时出现错误:“类型
我正在学习ES6,并且正在学习免费的在线课程。在课程中,我们涵盖了Promises,所以我有: <pre><code>i
当我尝试运行此代码时,它显示“ com.mysql.jdbc.JDBC4ResultSet@7e2d773b”,当前该表只有一条记录。 <pre><co