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R中的GenomicFeatures函数“ transcriptsByOverlaps()”出错
由于subseq()函数和DNAString函数(来自biomaRt),从第1号染色体检索了DNA序列,我的目标是找到该序列中 -
在GenomicRanges对象中合并具有相同属性的相邻垃圾箱
已将基因组分割成相邻的不重叠的条带,例如通过<code>tileGenome</code>,我已经通过某种方式为每个bin(例 -
GRanges作为base :: data.frame中的列
我想将Bioconductor的<code>GenomicRanges::GRanges</code>对象存储为基本R <code>data.frame</code>中的单个列。我之所以 -
在基因模型中寻找SNP位置
我一直在尝试使用提供每个SNP位置的SNP文件,并发现基因模型中的SNP,其中提到了基因名称,该基因的 -
在R中用ggbio绘制特定区域内的基因
我正在尝试使用<code>ggbio</code>在一个区域内绘制基因。但是,我无法设置xlim范围。由于某些原因,使用< -
R中CoverageHeatmap(Bioconductor)功能的问题
我有两组成对比对,其中查询基因组1(q1)与参考基因组比对,查询基因组2(q2)与相同的参考基因组比 -
如何从scNuc-seq生成的数据中检测拷贝数变化?
我有一些通过scNuc-seq技术测序的细胞,包括.fastq,.bam文件和经过处理的基因表达。我想检测每个细胞的拷 -
将基因组区域转换为R数据框或GenomicRanges对象中的基因组位置
我有一个具有一些基因组间隔的数据框,并且在几个样本中其对应的覆盖范围: <pre><code> sample1 -
脱节时适应GenomicRanges对象的元数据
我有一个GRanges对象,它具有一些基因组间隔和一些元数据(3个向量,在3个不同样本中每个区域的覆盖 -
在R工作流中为ATAC-seq使用makeGRangesFromDataFrame时出错
R的新手。最近通过<a href="https://rpubs.com/tiagochst/atac_seq_workshop" rel="nofollow noreferrer">ATAC-seq workshow in R</a>工 -
GenomicRanges在R上加载DESeq2库时出错
我试图在R上加载DESeq2: <code>library(DESeq2)</code> 显示的错误是: <pre><code>Loading required package: Gen -
用ggbio绘制GenomicRanges中最长的转录本
我正在尝试使用<code>ggbio</code>绘制特定区域。我正在使用下面的代码来产生我的期望输出,除了它包含 -
内含子与UTR / CDS床文件之间相交
我一直在分析RNA序列数据。我有一个包含内含子坐标的文件。我已经将它们转换为床文件。我还从GTF文 -
如何仅对许多相交范围之一进行过滤
作为一个更长而复杂的查询的一部分,我试图将一个条目保留为重叠间隔,而所有不重叠的条目。这是 -
gmap aligner get-genome命令未检索序列
我正在使用gmap gsnap版本2020-06-30。尽管alignment命令运行良好,但是get-genome命令未提供任何输出。也没有 -
注释并尝试规范化我的数据后,我收到错误消息,提示缺少值,该如何解决?
我正在尝试分析具有TSS的CAGE数据。我在R中使用CAGEr脚本,当我尝试规范化时收到此错误消息,我收到一 -
使用基因组范围对象作为参考从.fasta文件中提取多个序列时出错
我有一个与我的参考基因组相对应的fasta文件和一个与我的数据的SNP调用相对应的vcf文件。我想从我的Fas -
基因组范围 - 在单个文件中合并重叠 (R STUDIO)
<strong>我想在文件中找到重叠的区域并合并它们,保持较早的开始和较晚的停止(将 2 个区域合并为 1)< -
R中的基因组坐标
我正在处理 <a href="https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene.html" rel="nofo -
比较两个基因组范围 (R)
我有 2 个基因组范围 <pre><code>g1<-GRanges(c("chr1:0-14","chr1:15-29"), score=c(20.2,10.4));g1 GRanges ob -
tp 传播线性范围的快速方法
我有一个 <code>data.frame</code>,其中每一行都是一个线性区间 - 特别是这些区间是染色体上的开始和结束 -
as.vector(x) 中的错误:没有将此 S4 类强制转换为向量的方法
我正在尝试使用以下命令在 bash 的命令行上运行 R 脚本(我使用的是 CentOS 8): <code>cat 1_myScript.R | R --sl -
在 GenomicRanges 包的后续或先行函数中包含重叠范围或基因
我有兴趣从我感兴趣的基因中获取上下游的侧翼基因。为此,我发现 <code>follow</code> 包中的 <code>precede</c