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limma:smooth.spline(lambda,pi0,df = smooth.df)中的错误:输入中的丢失或无穷大值是不允许的
我有一个用于比较对照和治疗的数据集,并将limma用于pval。它可以很好地处理我的大多数数据,直到我 -
为什么在limma之后我得到相同的p.adj
我得到了一些数据,在limma eb.fit之后,我得到了一个衬砌的火山图,发现p.adj对于许多数据都是相同的。 -
估算R中代谢物的差异调节
我有一个包含25个耐药株和25个敏感株系的代谢物数据集。数据如下所示,每一列都是一行,每一行都是 -
比较三组配对数据和limma。如何进行配对设计
所以我正在使用r,并带有Bioconductor(oligo),(limma)软件包来分析一些微阵列数据。 配对分析时 -
在处理DNA甲基化数据时,可以使用常规的线性回归模型吗?
我是处理遗传数据的新手,我只是想知道在构建模型时是否可以使用<code>lm</code>函数,还是必须在limma中 -
细胞因子数据的R Limma P值与Foldchange
我正在尝试与Bioconductor的<code>limma</code>合作来计算p值和倍数变化值,并找到差异表达的基因。 我 -
我如何从limma软件包中执行lmfit函数的假设?
我正在使用limma软件包进行DNA甲基化分析。 这个想法是要探索在暴露(pm2.5)和甲基化CpG位点之间是否存 -
将字符串转换为R中用于管道的函数的内容
我正在将<code>makeContrasts</code>函数用作管道的一部分(具有limma)。 我有几项研究,一项又一项地进入研 -
如何选择/排除特定条件或细胞类型以进一步进行Limma分析?
我是R和Limma的新手,所以我尝试使用Limma指南分析数据集。到目前为止,还算不错,但是现在我只想在“ -
尝试将颜色添加到R ggplot(火山图)时出错
想制作一个火山图,根据显着性和差异表达对其进行着色。使用来自Limma对象的R中的toptable制作数据框。 -
系数不可估计模型
我正在使用Limma进行de分析,并且我有很多样本。我尝试计算设计矩阵,然后计算lmFit()。但是当我调 -
两个数据集:对照样本是一个数据集,而Case是另一个具有时间序列的数据
我有两个数据集 数据集1:对照样品 数据集2:病例样本(时间序列数据-1周,3周和8周治疗) -
对安捷伦微阵列数据进行 limma 分析后没有重要数据?
我正在使用以下代码执行安捷伦微阵列数据分析: 数据分析并没有得出显着的结果?代码中是否有任何 -
如何在 ggplot
使用 limma 进行了大型 RNAseq 分析后,我想在报告中显示图表,但我不需要图表的样式。我不太擅长编辑 -
如何将 MA 列表转换为表达式矩阵?
我正在做安捷伦双通道微阵列分析的差异表达,我得到了 MA 列表,我想将它转换为表达矩阵,我可以使 -
我如何告诉 R 包 Limma 在 read.idat() 中使用什么作为“目标”?
我正在分析一些微阵列数据。对于每个捐赠者,我都有一个“干预前”和“干预后”的 idat 文件。我已 -
添加变量
我正在根据 RNAseq 数据计算 LIMMA。当我使用这个公式时: <pre><code>~feature + age + (1 | sex) + (1 | group) + (1 -
R - 当我有简单的limma 对比或更复杂的对比时,为什么 DGE 的结果不同?
我正在尝试使用 limma 包执行 DGE。 我有一个很大的数据集,我想在其中提取几个对比。完整的对比表如 -
从 log2(TPM+1) 数据执行差异表达分析
我是 RNA-seq 分析的新手,我想根据 log2(TPM+1) 数据进行 DE 分析。我知道这并不理想,但这是我可以从以前