-
将杂原子添加到pdb文件
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后,我想向Biopython生成的Biopython结构对象中添加一些新原 -
我可以仅使用PDB文件执行PCA(在python3.x中使用MDAnalysis)吗?
我可能比与代码相关的问题更具技术性。我尝试仅使用PDB文件执行PCA(带有MDAnalysis软件包)-这个pdb文件 -
如何为多状态PDBfile中的原子重新编号?
我无法提出解决问题的想法,因此我无法继续进行研究。我还没有做到这一点,因此我在计算和生物信 -
无法从Anaconda3的Linux Ubuntu Ubuntu中的bash终端启动Pymol
我正在尝试在带有VirtualBox 6.0的Linux Ubuntu 18.04.3 LTS 64位上运行Pymol。但是,从Anaconda <code>conda install -c schro -
Biopython.PDB.NeighboursSearch
我想使用biopython对mmcif文件上的给定链标识符执行邻居搜索, 但无法正常工作。我正在尝试重制本教程 -
列表中的列表用于指定可能的参数,这的语义是什么?这个叫什么名字
<pre><code>align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, targe -
具有用户输入的Pymol的Python脚本
我已经为Pymol准备了一个脚本,该脚本可以很好地评估目标蛋白质残基列表的RMSD值(目标残基由脚本嵌 -
从Pymol输出HBonds列表
我一直在尝试评估我要使用Pymol突变的界面的强度。 我感兴趣的是具有指定接口的联系人列表(我使用Py -
在Windows上启动pymol的Python脚本
我已经在Windows(<a href="https://github.com/schrodinger/pymol-open-source" rel="nofollow noreferrer">https://github.com/schrodinger -
Gromacs:从区域中选择残留物
我研究脂质和水的结构。我必须从脂质(第2组)中选择4A以下的每种水(第1组)。我使用了以下命令:< -
有没有办法从Pymol中的分子结构中大量分离配体?
我在PyMOL上上传了100多个pdb文件,我的任务是对它们进行一些分析。一切都进行得很顺利,直到要求我为 -
错误说我的PyMol版本错误
我在PyMol接受许可证文件方面遇到麻烦。我从许可证文件中下载了链接到该页面的PyMol版本,并且由于使 -
如何将PyMOL中的命令输出保存到txt文件?
我是PyMOL的新手,我正在尝试编写一个Python脚本,该脚本将生成.txt文件并将PyMOL命令输出保存到其中。假 -
在运行“ brew install brewsci / bio / pymol”时发生Brew错误“无此文件或目录-/usr/local/Cellar/pango/1.46.1”
我试图按照官方网站<a href="https://pymolwiki.org/index.php/MAC_Install#Open-Source_PyMOL" rel="nofollow noreferrer">https://pymo -
python版本和Ubuntu 18.04上启动程序的问题
几天前,我在使用的一个程序(MGLTools的adt)遇到了一些问题,最近几个月我没有遇到任何问题。我想重 -
pyMOL:如何将色谱应用于 CGO 线?
我在通过连续色谱为 CGO(编译图形对象)线着色时遇到问题。 我编写了 python 脚本,试图通过函数“cmd. -
vim“语法集群”突出显示如何工作?
我正在尝试使用 vim 语法文件来突出显示 PyMOL 脚本文件,但遇到了“语法簇”定义的问题,vim 文件来自 -
同步pymol
我正在尝试加载一个mrc文件,生成它的地图然后保存图像,问题是它只保存了一个空白图像,我运行的 -
这个 <lambda>() 缺少 1 个必需的位置参数是否有任何解决方案:'y'
我正在做一些关于蛋白质建模的教程,使用多个模板来建模相同的蛋白质。我目前正在尝试运行 align_all. -
如何将配体与 PyMOL 中的蛋白质结合?
我目前有一个蛋白质是我研究的重点(.pse 文件)和几个配体(.pdb 文件),我希望与该蛋白质结合以查 -
如何在pymol中将pse文件保存为PDB文件?
我做了一个盲对接,它只给了我交互的pse文件。 然后,我在 pymol 中处理了 pse 文件,但我不知道如何将 -
在 PyMol 中的残基之间创建实线
<a href="https://i.stack.imgur.com/z56Ux.png" rel="nofollow noreferrer"><img src="https://i.stack.imgur.com/z56Ux.png" alt="enter image d -
pymold 是否支持远程窗口?
当我用ssh和X server运行pymol时,窗口立即崩溃,错误报告如下: <pre><code> Detected OpenGL version 1.4. Shaders a