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如何使用 bioinfokit 创建火山图?
我一直在尝试使用 python 和 bioinfokit 来创建 Excel 文件中基因表达数据的火山图。我使用 Pandas 创建了一个 -
在for循环中使用rdkit生成png文件,但是每次生成的都是同一个png文件
我有一个看起来像这样的数据框 <pre><code>np_id SMILES standard_inchi_key 0 NPC4665 OC(=O)Cc1ccc(c(c1)O)O CFFZDZCD -
如何从另一个列表中创建特定序列的新列表?
我想知道如何按照公共序列制作一个拉取的特定序列值(前三个)的列表,以放置到另一个列表中。如 -
Ubuntu |变异效应预测器 | DBD mysql 无法设置
我正在使用 Ubuntu 并尝试在命令行上使用 Variant Effect Predictor (VEP) 进行设置。我正在关注设置教程,但在 -
使用相似名称的主文件重命名 Multi-FASTA 序列头
我有多个 FASTA 文件,它们使用非常简单的标头来标识样本。但是,我想通过添加地理位置、来源和文化 -
AWK 循环多列
请假装我有以下情况(多列和多行): <pre><code>TUNE_PKGARCH</code></pre> 想要的是 awk 循环遍历每一列并 -
Trinity Assembler 突然停止工作
我不得不重新安装我的 conda 环境。当我尝试运行 Trinity 时,一切似乎都很好,但收到此错误消息。我尝 -
错误:samtools 排序:无法从 SAR-COV-2 的“-”ARTIC 管道读取标头
我在运行 artic minion 命令时遇到问题 吃 <ol> <li>它无法识别我提供的路径的 pimer 方案。所以它创建 -
Trinity 汇编程序错误,无法识别读取名称格式:[SRR1695911.3]
大家好,自从我用 conda 重新安装 trinity 以来,我一直遇到问题。即使读取的质量很好,trinity 也会显示 -
有没有办法计算每个id主题的曲线下增量面积?
我在 R 中工作,我正在尝试生成一个 data.frame,其中每个受试者 id (ID) 的基线以上的葡萄糖值曲线下的增 -
应用字符串点突变的更快方法?
我有一个 csv 文件,它的行是不同位置的一堆突变。我有一个包含 24 个字符串的元组,这些字符串对应 -
有没有人在“Evolver Sim Control(eSC)”上运行示例模拟时遇到故障? JOBTREE SLAVE 输出日志
Evolver 是一组旨在模拟整个基因组核苷酸序列进化的程序。 <a href="http://www.drive5.com/evolver/" rel="nofollow nore -
如何在 Python 中将 DNA 列表序列转换为蛋白质序列
以下是我目前使用的价值观: <pre><code>DNA_list=['ATTGAT','CTGGCA','TAGGAC','GAGGCT'] #tr -
在 Python 中加载 RS4 对象
我有一个包含 Seurat RS4 对象的 rds 文件。我试着跑 <pre><code>result = pyreadr.read_r('P1.seur.rds') </code></ -
在 SummarizedExperiment 对象中设置子集时出错
我正在执行交叉验证,它因错误而停止,并将我带到作为 <code>SummarizedExperiment</code> 对象准备的输入文件 -
如何在 Python 中将 DNA 序列列表转录为 RNA
我正在尝试返回从 DNA 序列转录的 RNA 序列列表。理想情况下,它应该如下所示: <pre><code>DNA_seq = [' -
如何使用基于 R 中“码本”的信息将字符串分配给数字
在这里完成 R 菜鸟,所以如果我能得到任何帮助,我将不胜感激。我目前有一个看起来像这样的数据框 -
使用 DECIPHER 对齐的 Rstudio 服务器上的 R 会话异常终止
我正在使用位于服务器上的 Rstudio 实例与 bioconductor 中的 DECIPHER 包运行对齐。 <pre><code>dna1 <- RemoveGa -
将两个同名的fastq文件合并到一个目录中
您好,我有一些 fastq 文件需要合并到一个目录中(一个是正向序列,一个是反向序列) 到目前为止,我 -
如果列的数字排序方式不同,我该如何合并这 2 个表/数据框?
我正在尝试将这 2 个表合并为 1 个数据帧,但问题是患者编号不匹配。 这大概是<strong>第一张表格< -
根据行和列元数据将 data.frame 中的一个值除以备用 data.frame 中的另一个值 数据
我有一个结构为=的数据框 <pre><code>Gene Transcript_ID V1 V2 V3 V4 1 ENSG00000000003.14 ENST00000612152.4 0 -
使用 R
数据集 1 -> 外显子: <pre><code>Start Length adjust_start end 1 1511150 724 723 1447 2 1518357 142 7930 8072 3 152004 -
计算每个基因的平均覆盖率
我有两个文件: 文件 1(下)有 bp 开始和停止坐标 <div class="s-table-container"> <table class="s-table"> <头> <tr -
多线程问题 - Python2 - 因 retcode -11 而失败
我有一个基于 Python2 的工具。它运行时没有错误,并为线程值为 1 和 2 生成结果。超过两个线程时,它 -
有没有办法指示 pylatex 自己不要忽略额外的空格(空格)?
四天前我开始使用 pylatex 来自动生成报告(我之前也没有使用 Latex 的经验)。我想在乳胶报告中输入的 -
Grepping 包含逗号的精确 bash 变量
我有一个带有两个嵌套 for 循环的 bash 脚本,它从文本文件中读取一行,然后从不同的文件中提取该行。 -
Minimap2 用于 Nanopore cDNA-seq 比对参考:未找到命令,为什么?
我正在尝试使用 Minimap2 将 Oxford Nanopore cDNA 读数映射到参考。我正在从终端在 unix 环境中处理 macbook。我 -
如果位置存在于范围内,则按行索引填充每列的数据框值
我有一个范围的开始和停止坐标列表,并想根据它们在范围中的存在来填充熊猫 df。 行数是预先确 -
Naive String 匹配算法的性能
我需要对两个不匹配的字符串进行匹配。我尝试了一些方法,如朴素算法和正则表达式,但我的代码非 -
用于健康 IVF 胚胎选择的深度学习或机器学习?
我正在尝试使用可训练的 AI 结合健康 IVF 胚胎的生物标志物数据来提取模式并进行预测。 IVF 胚胎培养基