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使用bash和grep -c对密码子进行排序和计数
我有一个文本文件,其中包含多行密码子 每行都有一组三个核苷酸序列,可以是A,T,G,C,但一行中只 -
使用snakemake运行nanofilt
我是第一次使用snakemake。我想使用nanofilt运行一个文件夹中的fastq文件。我想用snakemake运行它,因为我需 -
Python在网络上进行流行病传播的最有效方法是什么?
我正在进行一个模拟,涉及在随机,无向时间网络(即链接状态以一定概率分布逐步变化的复杂网络) -
如何将dds或DGEList对象转换为kegga()的可用参数?
我想对<code>RNAseq</code>的某些<code>kegga()</code>结果进行KEGG途径分析,但是我似乎无法将数据转换成<code>kegg -
snakemake:管道失败,缺少MissingOutputException
为清楚起见,我必须修改帖子。情况是,一开始我在本地计算机上很好地运行了管道,但是在提交给集 -
无法从Fasta标头创建文本文件
我在一个目录中有多个fasta文件。我需要为每个单独的fasta文件创建具有特定格式的文本文件。生成的文 -
输入矩阵中行和列之间的差异
作为我的硕士论文的一部分,我正在尝试构建基因表达自动编码器。我的教授建议我从小做起-取一个样 -
如何在特定行的末尾削减20个字符,同时保持其他所有行在bash输出中的完整性
所以我有一个看起来像这样的FASTA文件,我将其分成2行 <pre><code>\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000000/1 CTCCT -
Platanus_allee基因组组装者组装错误失败
我正在尝试运行Platanus_allee基因组组装程序来组装基因组。但是,当我运行阶段命令时,它会出现以下错 -
Snakemake,使用通配符时如何更改输出文件名
我认为我有一个简单的问题,但我不知道如何解决。 我的输入文件夹包含以下文件: <pre><code> -
R中的GenomicFeatures函数“ transcriptsByOverlaps()”出错
由于subseq()函数和DNAString函数(来自biomaRt),从第1号染色体检索了DNA序列,我的目标是找到该序列中 -
将杂原子添加到pdb文件
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后,我想向Biopython生成的Biopython结构对象中添加一些新原 -
计算原子质量
在Python中成为新手...我想设计一个程序来计算原子质量,给定这样的分子'C14-H10-O'。 (我知道,已 -
有没有办法将PDB文件中每个生物程序集的链分开?(python脚本)
我想在PDB文件中分离属于特定生物程序集的链ID。 例如,PDB ID 1BRS具有3个生物程序集 生物组装1:-链A和D -
在Wilcoxon排名后在R中使用Benjamini-Hochberg错误发现率时出错
我已经进行了Wilcoxon秩和检验,以查看三个疾病样品与三个对照样品之间598019基因的表达之间是否存在显着 -
snakemake运行纳米抛光,使其等待之前的规则完成
嗨,我可以使用snakemake进行纳米抛光的不同步骤。但是,当我运行它时,它将给出一个错误,即在bwa规 -
子包中的组装车轮无法安装点子?
有点像编码初学者。我一直想使用pip install安装一个软件包,该软件包可以在更新python之前获得(当前在 -
CITE-Seq-Count修剪Fastq文件/运行逗号分隔列表
我正在使用CITE-seq-Count程序来分析单元格哈希/ cite-seq数据。我们在多个泳道(1-4)上对AdT / HTO进行了测 -
DESeq2代码有助于分析R
我在设计一些正确的代码以使用R中的DESeq2时遇到了麻烦,如何查看与对照组相比在疾病患者中哪些基因 -
函数并行化Python
我的代码的目标是对由称为biopython的生物信息软件提供的xml文件进行一些计算。该程序生成一个如下所 -
Grep表示文本文件中的特定数字,并按数字文本文件输出
我有一个文本文件<code>chunk_names.txt</code>,如下所示: <pre><code>chr1_12334_64321 chr1_134435_77474 chr10_463252 -
根据物种出生-死亡表计算总的系统发育分支长度之和
<h2> <strong>背景</strong> </h2> 这个问题有点复杂,因此我将首先介绍背景。为了生成物种出生死亡表(<em> -
在GenomicRanges对象中合并具有相同属性的相邻垃圾箱
已将基因组分割成相邻的不重叠的条带,例如通过<code>tileGenome</code>,我已经通过某种方式为每个bin(例 -
如何创建包含以fastq ASCII格式编码的所有PHRED分数0-93的字典?
请注意,FASTQ文件使用数字33-126表示相交质量0-93。这意味着,如果要将数字0-93转换为FASTQ格式质量,则 -
基于多条件向量R的随机抽样
我有一个大型数据帧SYN_data,具有150000行和3列,分别名为SNP,Gene和count。有一个包含2545个计数值的列表r -
Seurat中的FindVariableFeatures函数产生“ match(x,table,nomatch = 0L)中的错误:'match'需要向量参数”
我正在RStudio中运行Seurat V3,并尝试在新子集的对象上运行PCA。作为该过程的一部分,我正在使用以下命 -
如何将Phylo树保存到文件?
我正在努力将Phylo树保存到文件中。它显示在Jupyter Notebook中,但文件为空白。 我浏览了很多文档 -
在非标签行上重复先前的标签和增量计数
我有以下包含基因名称和外显子位置的字符串。 <pre><code>gene1 250405..250551 251490..251884 195620..195641 154254 -
估算R中代谢物的差异调节
我有一个包含25个耐药株和25个敏感株系的代谢物数据集。数据如下所示,每一列都是一行,每一行都是 -
如何解决LDassoc中的错误
我正在比较我的GWAS关联文件和四个不同的人群。 我在使用LDlink(LDassoc)时遇到问题。尽管我以TSV格式