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用单独文件中的字符串替换fasta文件中的标头名称和文件夹中的文件名
我正在做一个生物信息学研究,在这里我处理一些数据并将一些输出放到所需的文件夹中。对于其中两 -
基于FASTA字符串中数值比较的数据分离
我正在尝试使用read.fasta将我从FASTA文件导入的数据分离到所有数据的列表中,底部的粗体数字至少比其 -
无法从Fasta标头创建文本文件
我在一个目录中有多个fasta文件。我需要为每个单独的fasta文件创建具有特定格式的文本文件。生成的文 -
如何在特定行的末尾削减20个字符,同时保持其他所有行在bash输出中的完整性
所以我有一个看起来像这样的FASTA文件,我将其分成2行 <pre><code>\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000000/1 CTCCT -
在bam文件中定位Fasta序列的位置
我是全基因组比对和测序的新手(这个天真的问题以前可能已经问过,并回答过几次,我谨此致歉)。 < -
删除重复的fasta序列(biopython方法的重击)
你好,我有一个Fasta文件,例如: <pre><code>>sequence1_CP [seq virus] MQCKSGTNNVFTAIKYTTNNNIIYKSENNDNIIFTKNIFNVVTTKD -
将重复的序列删除到fasta文件(大文件)中
你好,我有一个巨大的fasta文件,例如: <pre><code>ASSERT(num_handlers > NUM_HANDLERS)</code></pre> 我正在 -
如何使用R从UniProt下载多重登录?
我有<code>UniProt</code>个登录号的庞大列表,我需要从<code>UniProt</code>网站检索FASTA序列。是否有任何R脚本 -
尝试读取FASTA格式的文件,然后写入Genbank格式的另一个文件
尝试使用<strong> BioPython </strong>中的<strong> Seq </strong>和<strong> SeqIO </strong>对象读取包含基因组序列的文件 -
比较Fasta序列与多播文件的子字符串并更改ID名称
我正在尝试比较两个multifasta文件。一种具有microRNA前体(70nt),另一种具有成熟的microRNA(22nt)。我想 -
优化python字典创建以计算子字符串出现次数
该函数接收包含数千行和K值的文件名。 该函数必须将文件的每一行划分为K个序列,并创建一个字典, -
如何从Fasta文件中删除小重叠群?
<pre><code>## removesmalls.pl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $minlen = shift or die "Error: `minlen` parameter not provid -
如何使用fasta文件而不是biopython中的蛋白质序列字符串创建多个序列比对
我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个序列比对。但是,在《 Biopython Cookbook》 -
从一些文件中复制字符串并将其粘贴到bash中的新文件中
我有一些包含fasta数据的文件。同一目录中的所有文件都具有不同的名称。 文件1 <pre><code>>gene1 AAA -
使用“ findall”查找蛋白质序列的序列基序
我有一个程序,需要使用用户输入来查找包含蛋白质序列的FASTA文件(如果找不到该文件,则提示错误) -
从文件中提取特定范围的Fasta序列
我正在尝试从特定范围提取序列。我使用的命令只能提取出Fasta序列中的前n行 <pre><code>awk "/^>/ { -
总分子量介于所选的最小和最大分子量之间的DNA序列列表
我正在尝试用一个自制的<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format" rel="nofollow noreferrer">FASTA</a>文件(只是 -
将序列长度添加到fasta文件的标头中
我有一个multifasta文件,想通过保留序列将序列长度添加到标题中。 <pre><code>>Seq1 MADKLTRIAIVNHDKCKPKKCRQ -
定义读取FASTA文件并生成DNA序列的所有列表的函数,其总分子量在两个选定的限度之间
我正在尝试编写一个函数,该函数读取<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format" rel="nofollow noreferrer">FASTA</ -
带有快速文件的Makeblastdb,其中包含具有不确定长度误差的蛋白质序列
我正在尝试使用Fasta蛋白序列中的makeblastdb创建一个blast数据库,其缺口长度不确定(-): 示例:< -
Perl搜索并替换,直到在多行上进行正向查找-不能按预期工作?
此处的总体目标是删除以特定字符串开头并以正向超前结尾的文本块。从我完成的测试来看,换行符似 -
我需要改进一个解析多个fasta文件的功能,并通过try execpt处理检查压缩情况
大家好,我正在使用庞大的gz压缩的fasta文件,并且我有一个不错的fasta解析器,但我想使其更通用,以 -
使用Biopython通过坐标删除序列
你好 我有一个序列,例如: <pre><code>record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("sequence.fasta", "fast -
将Fasta映射到Fasta + Bed文件以创建新的bed文件
我一直在考虑这个问题,但我不知道如何解决(也在这里<a href="https://www.biostars.org/p/426234/" rel="nofollow nor -
计算for循环中的“ Digram”(又称核苷酸对)计数
我需要编写一个函数,该函数接收一个fasta文件并计算该文件中的图(AT,CG,TT,CC等)。 我的for -
在运行portal_clien脚本以下载Human Microbiome Project DB中的fasta文件时发出警告
我完全不了解生物信息学和python,但目前正在尝试对其进行更改。我想使用一个python脚本,该脚本可以 -
如何使用curl
我有一个斋戒序列 <p >> seq1 UUUAAAAUCUGUGUAGCUGUCGCUCGGCUGCAUGCCUAGUGCACCUACGCAGUAUAAA 想将其替换为 -
如何使用Perl脚本从FASTA文件中的匹配字符串中提取ID?
我是Perl编程的新手,并且坚持使用自己的脚本。 我正在尝试在FASTA文件中搜索一个基序,如果找 -
如何使用R从FASTA文件中获取ID代码
有一个fasta文件,其中包含下面显示的这两个序列,我只想获取ID码并将其存储到新的.txt文件中。 <p -
如何使用R计算具有多个蛋白质序列的FASTA文件中的氨基酸
有一个fasta文件,其中包含如下所示的这两个蛋白质序列,我想计算一下每个序列中氨基酸A出现多少次