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从输入文件中提取匹配模式并在Perl中打印到输出文件
我有来自ncbi blastn的巨大输入文件,格式如下: <pre><code><ul id="msgFrm" class=" msg"> Job Ti -
用含义替换数据文件中的本体代码
我是使用<strong> R </strong>的新手。我遇到了一个问题,我在收集数据时使用本体代码(ICD-10,NCBITaxon和CHE -
psipred:找不到命令
我正在尝试运行<code>pgenthreader.sh</code>脚本,结果是: <blockquote> 完成3次迭代PSI-BLAST用法:psipred -
NCBI BLAST,NR数据库
我正在运行BLAST的命令: <pre><code>blastp -query /Users/shalini/Desktop/shalini/project/unmodelled_fasta/AAA18895.fasta -ou -
如何使用Biopython查找蛋白质的核苷酸序列?
我有一些蛋白质,我希望找到它们的相应核苷酸序列。我也有发现蛋白质的基因组。在基因组中,我找 -
无法使用Aspera下载数据
我正在尝试使用<a href="https://www.ebi.ac.uk/ena" rel="nofollow noreferrer">European Nucleotide Archive (ENA)</a> CLI从<a href="h -
如何正确下载SRA项目?
我正在尝试下载SRA项目,并且找到了两种方法来实现这一目标: <pre><code>esearch -db sra -query SRA072302 | e -
Python NCBIWWW(挂起负载)
傍晚StackOverflow Pham, 我正在尝试使用Biopython的NCBIWWW功能来快速查找<750种蛋白质-肽序列。启动程 -
如何从GEO数据库中提取单细胞RNA测序数据?
我是R和计算生物学的新手。我正在尝试查看已发布的数据集,以检查自己项目的基因表达。我在寻找材 -
用户定义函数在dplyr管道中不起作用
我有一个蛋白质登录号为DataGranulomeTidy的数据集。我在r中编写了一个函数(extractInfo),以从ncbi网站上 -
如何访问子级的xml文本?
我有以下xml文件(取自<a href="https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=biosample&id=SAMN00761094&ret -
在本地数据库中使用Blast +
我目前正在使用Blast +进行Blast步骤,但结果没有得到任何结果(我应该这样做是因为我爆炸的序列在我 -
为什么我的剪贴簿不断向我发送RuntimeError:无效的uid?
在尝试从NCBI数据库中抓取数据时,我继续收到带标题的错误消息。我已经在少量数据上尝试了此代码, -
在R中从NCBI提取元数据时出现问题
我正在尝试使用R包“ rentrez”和在此处<a href="https://ajrominger.github.io/2018/05/21/gettingDNA.html" rel="nofollow norefe -
从NCBI图书部分中抓取数据?
我目前正在编写一个程序,要求我从NCBI抓取文章。 我正在使用Entrez实用程序(<a href="https://www.ncbi. -
清除小于200 bp的污染物和支架
我仍然是生物信息学的初学者。 如何使用Mac终端机或linux从细菌基因组的支架(照明)中去除污染和小 -
biopython BLAST非常慢/生成不良的RID
我正在尝试按如下所示在两个文件中爆炸几个uniprot / swissprot ID。每个文件中都有成千上万个ID,因此手 -
您可以从FTP检索多个文件的管道吗?
我正在尝试从NCBI检索数百个基因组,并将它们通过管道传输到服务器Phaster(直接或通过我的本地服务器 -
rentrez :: entrez_search retmax和retstart的问题
Hi Stack Overflow社区, 我正在尝试为PubMed中的搜索词获取较长的PMID向量,该向量由<code>rentrez::entrez_s -
如何以编程方式从不在PMC中(即没有PMCID)的论文的DOI中获取PMID?
如何从不在PMC中(即没有PMCID)的论文的DOI以编程方式获取PMID? <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pm -
无法使用wget从“ www.ncbi.nlm.nih.gov”下载
我只想通过以下链接下载NCBI数据:<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VirusVariation/vvsearch2/?fq=%7B!tag=SeqType_ -
将rentrez与lapply一起使用-太多请求错误
我正在尝试使用函数entrez_fetch(rentrez pkg)从NCBI的核苷酸数据库下载大量fasta文件。我正在使用lapply发出 -
Rentrez错误:在文件中找不到任何简要结果
我正在使用rentrez软件包在NCBI的nuccore /核苷酸数据库中搜索Stratiomyidae(生物)COI(基因)序列。但是, -
基因蛋白质序列数据库
我想知道是否有办法从NCBI下载或检索基因的所有蛋白质序列。我有很多GeneID想要迭代并检索其蛋白质序 -
是否有任何R函数从物种分类ID /物种名称或属名称中提取所有分类名称(类,类,序,科...)?
我具有物种的分类ID,可以从NCBI(<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi" rel="nofoll -
从 NCBI 网页中提取特定的 Fasta 数据
<ol> <li>我正在尝试仅提取“NM_213035.1”的 fasta 格式,输出是除 fasta 之外的所有页面。</li> <li>fasta 的检查部 -
我应该如何安装 SRA 工具包?
我想在 win 10 上安装 SRA 工具包并将例如 SRR066194.3 转换为 fastq 格式。但第一步遇到这个错误: <块引 -
如何从指定国家/地区下载所有 ncbi 基因组文件?
我想比较几个国家的细菌基因组样本中的一些基因组特征。有人知道如何从我选择的地方下载所有 gbk 的 -
获取与搜索查询列表匹配的绝对出版物数量
也许有人知道如何获得标题或摘要与每个解析的搜索查询匹配的出版物的绝对数量,例如: <ul> <li>EGF -
SRA 到 FASTQ 文件通过。蟒蛇|网址错误
更新:主题 FTP 服务器已停用:[讨论] (<a href="https://github.com/ewels/sra-explorer/issues/14" rel="nofollow noreferrer">ht