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根据物种出生-死亡表计算总的系统发育分支长度之和
<h2> <strong>背景</strong> </h2> 这个问题有点复杂,因此我将首先介绍背景。为了生成物种出生死亡表(<em> -
系统发育分析软件(BAMM)错误消息告诉我我的系统发育具有非阳性分支长度。我更改了此错误,但错误仍然存在
我的系统发育是出版物中的一个,并且是BEAST的共识树,已知会引入非阳性分支长度。我检查了系统发育 -
如何使用Slurm运行.jar文件?
<blockquote> Blockquote </blockquote> 我已经在HPC中使用conda安装了BEAST。 <pre><code>$conda install -c bioc -
系统发育树猿太小
我正在使用NCBI分类标准的数据来构建系统发育树。这棵树很简单,其目的是显示一些节肢动物之间的关 -
如何将多个系统发育树输入R?
我的工作目录中有10,000个树,作为单独的<em> .tre </em>文件,但似乎无法将它们全部加载到R中。 我 -
系统发生的PCA与非系统发生的PCA之间的负相关性
我正在研究鸟类家族中男性和女性羽毛颜色的演变,我一直担心我的系统发育PCA被破坏。由于PCA需要根 -
系统发育独立对比后无相关性
我正在测试植物中两个生理参数之间的相关性。我对系统发育独立对比(PIC)的解释有些困惑。在不考虑PI -
brushPoints RShiny-dsplay系统发育树中的选定提示
我想通过RShiny上传系统树,并使用brushPoints功能允许用户选择系统树的提示。最终,选定的技巧将用作通 -
从ggtree / treeio中的CODEML读取MLC文件时出错
我正尝试使用treeio软件包中的<code>read.codeml_mlc function</code>读取mlc文件(从CODEML程序输出),如下所示:< -
重新生根后,系统发育尖端标签与图不匹配
我为R中一些紧密相关的序列建立了系统树。 当我重新树根时,树结构中的提示标签的顺序不会更 -
根据用户输入Rshiny向ggplot2 / ggtree添加另一层
下面的示例使用ggtree,在其中我可以刷写系统发育中的提示并添加注释标签(“ clade”)。使应用程序 -
从现有的系统树中定义R中的进化枝/聚类
我有一个由302个狂犬病序列组成的大型系统发育树,我正在将其分解成更小的簇。我希望通过后验概率 -
R中的pd()(信念分集)中的无效时间参数?
<pre><code>REPO</code></pre> pd()是picante软件包的函数,该软件包计算alpha分集度量。 m是样本,树是计算所 -
如何使用Dendextend阅读Newick系统发育树进行树比较?
我正在尝试使用Dendextend绘制一个缠结图(缠结树)来解释段病毒的重新排列。我从其他系统发育软件( -
我在尝试使用R Studio尝试显示系统树时遇到错误消息,我无法上传
嗨,我正在尝试上传一个名为Symonds.tre的系统树,该树位于我的工作目录中,并且为<strong> .tre </strong> 这 -
哪些R软件包适合绘制一段时间内的疾病传播图?
我正试图找到一种绘制疾病传播树的方法,以使我能够: <ul> <li>在时间轴(跨越2个月的时间轴)上 -
猿::共识树和边长丢失了,对此有解决方案吗?
我是亚伯拉罕。请!有人可以帮助我解决猿的问题::共识和分支长度丢失了吗? 我也有这个问题。 问候 -
pyRAD:找不到解复用的文件。检查路径
我目前正在使用pyRAD对我的序列数据进行一些群体遗传分析。 我已经有了Illumina Hiseq X的RAD-seq的配对末端 -
获取树中两个尖端(或节点)之间的“绝对”(?)距离
我正在寻找<code>function drainStatus(id,stat) { if (stat > 0) { document.getElementById(id).value = stat--; } if ((stat -
将批量.newick文件合并为单个newick文件
我有大约1000个newick文件可用于不同的生物体分离物。我想结合所有这些newick文件,并为所有分离株构建 -
在R
<a href="https://i.stack.imgur.com/iGMqF.png" rel="nofollow noreferrer"><img src="https://i.stack.imgur.com/iGMqF.png" alt="enter image -
如何使用R_II
我想为从输入单倍型数据连接树的无根邻居中的特定标签着色。提供了<a href="https://stackoverflow.com/questions -
有没有一种方法可以从头开始在Biopython Phylotree中构建树?
我正在尝试使用Biopython Phylo构建二叉树,但无法将新的子代添加到当前节点,并且我没有XML文件或任何 -
有没有一种方法可以对系统对象的尖端标签重新排序,以使其与另一个系统对象一致?
我有两棵树要比较。一个来自mrbayes,另一个来自Paup。 当我使用read.nexus时,尽管两个文件具有相同 -
如何在R
我想用R中的ggtree在圆形布局中创建带注释的系统发育树的图。某些尖端节点必须通过曲线链接。我可以 -
R:根系发生树“猿”选择分组
我已经生成了一棵树,但很难将其扎根到“猿”中,我不确定我指定外组的方法是否正确。 以下是 -
手动将分类单元添加到R中的系统发育树
我在R中有一个系统树,目前的变量是taxa_names。我想从data.frame(树基于所述data.frame)中分配taxa_names。</p -
无法使用phangorn :: phyDat
我正在模仿伊曼纽尔·帕拉迪斯(Emmanuel Paradis)的“系统进化论第二版和R进化论”中的一个例子。 <p -
ggtree:彩色树枝和尖端
尊敬的堆栈溢出社区, 我想问您有关我的问题的帮助。我正在使用ggtree软件包绘制系统发育树,我 -
pgsl中的因子或伪变量(雀跃)?
我正在使用雀跃包中的pgsl函数进行系统发生广义线性模型分析。我有几个类别变量,其中一些具有两个