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无法使用SRA工具包中的fastq-dump,因为无法在@INC中找到XML / LibXML.pm
我正在尝试使用SRA工具包<a href="https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=st" rel="nofollow nore -
如何在特定行的末尾削减20个字符,同时保持其他所有行在bash输出中的完整性
所以我有一个看起来像这样的FASTA文件,我将其分成2行 <pre><code>\>H.Sapiens.1M.Illumina.low.000000000/1 CTCCT -
CITE-Seq-Count修剪Fastq文件/运行逗号分隔列表
我正在使用CITE-seq-Count程序来分析单元格哈希/ cite-seq数据。我们在多个泳道(1-4)上对AdT / HTO进行了测 -
改进bash脚本以计算fastq文件的一些技巧
嗨,大家好,我希望自己编写剧本</b> <pre><code>for i in 'ls *.fastq.gz'; do echo $(zcat ${i} | wc -l)/4|bc; done < -
用python写一个带有fastq对名称的txt文件
我是python的新手,想对其进行改进。现在,我想编写一个python脚本,将我的fastq文件名组织成一个txt文件 -
串联多个fastq文件并重命名到父文件夹
目前,我具有作为fq.gz文件的基因组测序数据,每个样品都包含一个标题为样品名称的文件夹,其中包含 -
无法使用Aspera下载数据
我正在尝试使用<a href="https://www.ebi.ac.uk/ena" rel="nofollow noreferrer">European Nucleotide Archive (ENA)</a> CLI从<a href="h -
使用bwa进行未映射读取
我正在尝试使用BWA MEM对齐某些WGS文件,但是我发现有些奇怪。 当我使用<code>samtools flagstat</code>检查这些 -
处理来自基空间的FASTQ数据,照亮以生成计数矩阵
我刚刚开始学习R,并想分析我的Rna-seq数据。 我在basesapce中存储了fastq文件。但是这些文件很大( -
关于发现错误的问题。此python3脚本中有以下哪些错误?
<pre><code>#!/usr/bin/env python3 # trimAll.py #Initialize variable to contain the directory of un-trimmed fastq files fastqPath="/scrat -
通过循环处理多个文件夹中的多个文件
我有一组具有fastq.gz输入的文件(R3003_C0UH3ACXX_ATTACTCG_L005_R1_001.fastq.gz)在这些文件中,RXXXX号不是连续的 -
如何解决Java未找到类的异常?
我是生物信息学的新手,我正在尝试运行使用程序FastQC v0.11.3的管道。我在Linux服务器上本地下载了该程 -
如何将前四行打印到文件中,然后将后四行打印到第二个文件中,依此类推?
我有一个fastq文件,其中堆积了我所有的序列,这是配对末端测序的结果。我需要将它们分为两个文件, -
生成fastQC报告
我正在使用<code>fastqcr</code> R包来生成fastq文件的多qc和单qc报告,用于RNAseq分析。虽然我的mlti-qc报告工作 -
在R中排序后多路分解FastQ文件
我从我使用的测序服务中收到了一些FastQ文件,并要求将它们多路分解。是否可以在R中做到这一点? 我 -
在另一个文件的kmers中搜索一个文件的kmers并计算Python中的出现次数
有了此功能,它将在python的四个Base上生成所有可能的kmers: <pre><code>def generate_kmers(k): bases = ['A -
在多个文件上使用perl脚本的命令行
提供给我的perl脚本包含: <pre><code>use strict; open(IN1, "<".$ARGV[0]); open(IN2, "<".$ARGV[1]); op -
您应该在基因组组装后重新组合分割的fastq文件吗?
我已经将一个较大的fastq文件拆分为6个或7个较小的,更易于管理的文件,用于基因组组装。 现在 -
在Snakemake中合并多个通配符
<pre><code>├── DIR1 │ ├── smp1.fastq.gz │ ├── smp1_fastqc/ │ ├── smp2.fastq.gz │ └── smp2_fast -
将FASTQ文件读入AWS Glue作业脚本
我需要将FASTQ文件读取到AWS Glue作业脚本中,但出现此错误: 跟踪(最近一次通话最近):文件“ / -
在fastq文件中,如何将序列头更改为文件名和唯一标识符?
我正在处理条形码数据,我希望能够合并fastq文件,并能够轻松分辨出读取的原始条形码。所以我试图将 -
SOLID颜色空间读取对齐方式:BWA,Tophat还是其他?
这是我第一次进行比对,我需要一些帮助来确定哪种对准器最适合我的情况。 我正在尝试对齐先前 -
如何将脏的fastq文件排序为交错的fastq
我有一个大小约为80GB的fastq文件(<code>file.fastq</code>),其中有一个标题行和三个后续的信息行。我需要 -
拆分fastq文件时如何附加变量名? script.awk 运行script.awk 改进了script.awk
我下面有一个fastq文件,我想用<code>lane=$2</code>分割文件。我的代码完成了拆分工作,但我还希望输出文 -
使用 python 包装器并行化 python 脚本 编辑以提高 wrapper.py 的可重复性
我有一个 Python 脚本 <code>heavy_lifting.py</code>,我使用从 bash 包装器脚本 <code>wrapper.sh</code> 调用的 GNU Parall -
将 fasta 文件拆分为特定的新 fasta 文件
所以我正在编写这段代码来读取 fasta 文件。在 fasta 文件中,将有 10 个序列。序列的开始将是 ">" 我想拆 -
为什么我的 R 函数没有运行?尝试将 R 脚本发送到集群
这是一个非常初级的问题,所以提前致谢。 我得到了一个 R 脚本来将 fastq 文件与基因组对齐。我 -
如何根据读取 ID 列表提取 FASTQ 读取?
以下是我拥有的以逗号分隔的 FASTQ 读取 ID 列表。我想知道如何从我的 fastq 文件中提取这些读取。你能 -
如何将 fastq.gz 文件转换为 R 中的 fasta 文件?
我有许多 fastq.gz 格式的 Illumina 序列样本,我想将它们转换为 fasta 文件,但我不知道从哪里开始。任何 -
Bash 循环而不是 VS 并行进程
我在 bash 中使用 cat+pipe+parallel 编写了一个简单的脚本,但由于大量输入数据(>200),我的计算机崩溃了