我正在使用CITE-seq-Count程序来分析单元格哈希/ cite-seq数据。我们在多个泳道（1-4）上对AdT / HTO进行了测序。我尝试将fastq.gz文件与cat函数合并，并按如下所示运行它们：

CITE-seq-Count 
-R1 ./adt_read1/merged_adt_S2_L005_R1_001.fastq.gz 
-R2 ./adt_read2/merged_adt_S2_L005_R2_001.fastq.gz ... (tags,cells,etc).

，我收到错误：./ adt_read2 / merged_adt_S2_L005_R2_001.fastq.gz中的序列长度不一致。请以相同的长度修剪所有序列。退出应用程序。

我看到在1.4.3版本的CITE-seq-Count中可以使用多个通道（而不是合并.fastq.gz文件）

Inputs:
  Required input files.

  -R1 READ1_PATH,--read1 READ1_PATH
                        The path of Read1 in gz format,or a comma-separated list of paths to all Read1 files in gz format (E.g. A1.fq.gz,B1.fq,gz,...
  -R2 READ2_PATH,--read2 READ2_PATH
                        The path of Read2 in gz format,or a comma-separated list of paths to all Read2 files in gz format (E.g. A2.fq.gz,B2.fq,...

但是当我尝试使用下面的代码运行时，它将失败。

CITE-seq-Count
-R1 ./adt_read1/ADT703_S2_L001_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L002_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L003_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L004_R1_001.fastq.gz 

-R2 ./adt_read2/ADT703_S2_L001_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L002_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L003_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L004_R2_001.fastq.gz 

我收到一条错误消息，说这些参数未使用。有没有一种方法可以将所有L001-4车道合并为一个车道？我的逗号分隔列表不正确吗？

谢谢！