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Platanus_allee基因组组装者组装错误失败
我正在尝试运行Platanus_allee基因组组装程序来组装基因组。但是,当我运行阶段命令时,它会出现以下错 -
估计种群子样本之间的遗传相关性
我的Bed / Bim / Fam文件有很多人(超过100,000个)。 我想估计一个A组和另一个B组之间的遗传相关性,而不 -
根据vcf表数据在字符串中更改宪章
我有一个长字符串文件(<code>b'\x04\xea\x9cZ\x84\x0e\xa9\xc5\xa8|\x00@\x04\x11\r\x0b\x0f\x80\x00\x00,\xc0\x00\x00\x00\x00\x -
使用awk打印标题名称和子字符串
我尝试使用此代码打印基因名称的标题,然后根据其位置提取子字符串,但这不起作用 <pre><code>$VAR1 -
AnnotationHub资源|无法加载资源| R中的下载问题
当我运行Command ah [[1]]时,遇到以下问题: 回收1个资源 错误:加载资源失败 名称:AH5087 标 -
如何从scNuc-seq生成的数据中检测拷贝数变化?
我有一些通过scNuc-seq技术测序的细胞,包括.fastq,.bam文件和经过处理的基因表达。我想检测每个细胞的拷 -
json文件操作基因组比例模型
我的代码有问题,我不知道如何解决。基本上,我有一个看起来像这样的json文件,每个变量中只有几个 -
使用vcf2geno代码时R会话中止
试图让此代码再次运行,我感到无比沮丧。这段代码之前可以正常工作,我已完全提交了作业,但是我 -
有没有一种方法可以表示GRanges / GRangePairs对象的反向对齐?
如果GRangePairs对象中包含一个基因组与另一个基因组的比对,是否有办法区分直接比对的区域与反向比对 -
根据概率更改较大字符串中的子字符串
对于某些整体情况,我对序列中每种3字母子字符串(总共64个组合)的类型都有一组概率,可以更改为 -
BWA:检测短读序列中的变异
我使用了Burrows-Wheeler Aligner将高覆盖率的短读序列定位到参考基因组。输出为.sam格式。我还使用了<em>单 -
内含子与UTR / CDS床文件之间相交
我一直在分析RNA序列数据。我有一个包含内含子坐标的文件。我已经将它们转换为床文件。我还从GTF文 -
基因组组装的'abyss-pe'故障排除
我正在尝试使用来自原始fastq读段的ABySS基因组组装器创建重叠群。我正在通过SSH在大学的Linux服务器上 -
使用ABySS组装SRA序列时出错
使用ABySS汇编从NCBI SRA下载的读取文件时遇到了麻烦。 我使用的命令是: <pre><code>abyss-pe name=SRR53 -
使用Velvet组装SRA时显示“已杀死”消息
使用<strong> Velveth </strong>来汇编从NCBI SRA下载的读取文件时遇到了麻烦。 我使用的命令是: <pre>< -
基因组上的Python偏斜函数
我正在尝试为基因组编写偏斜函数,但输出错误。有人可以告诉我我在哪里犯错了 这是我的代码。我运 -
如何仅对许多相交范围之一进行过滤
作为一个更长而复杂的查询的一部分,我试图将一个条目保留为重叠间隔,而所有不重叠的条目。这是 -
循环R功能
我在R中有一个函数,该函数接收一个.vcf文件并对其进行解析。 例如 <pre><code>x <- "file1.vcf&# -
gmap aligner get-genome命令未检索序列
我正在使用gmap gsnap版本2020-06-30。尽管alignment命令运行良好,但是get-genome命令未提供任何输出。也没有 -
将fastq读取的内容拆分为10G的迷你文件,汇编器不接受fastq格式
我使用以下代码将52G fastq文件拆分为10G块: <pre><code>split -b 10G /home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/goo -
TypeError:在python3上的heapq.heapop上,但是在python2上工作
我正在研究使用霍夫曼编码的变体的基因组压缩算法。我在python2中有以下代码: <pre><code>def makeHuffTree(t -
一次运行Snakemake规则一个样本
我正在创建一个Snakemake工作流程,它将包装一些<a href="https://www.nvidia.com/en-us/docs/parabricks/quickstart-guide/sof -
您应该在基因组组装后重新组合分割的fastq文件吗?
我已经将一个较大的fastq文件拆分为6个或7个较小的,更易于管理的文件,用于基因组组装。 现在 -
使用HAIL解析.bgen文件,而无需在单个节点上加载数据
我正在尝试使用HAIL解析以.bgen格式传送到Spark DF的基因组数据。该文件的大小为150 GB,无法放入群集中的 -
如何计算Bash中跨行出现的连续模式的数量?
例如,我有一个这样的文件。如何计算连续N个跨行出现的次数? <pre><code>NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN -
如何将S3中的文件(不是.csv文件)读入rstudio和AWS
该文件约为45 GB,以“ .gds”(基因组数据结构(GDS)文件)结尾。 如何将其读入rstudio和aws,以便我可 -
创建mRNA前GTF
我正在尝试为我的snRNA数据创建前mRNA参考。这是我的命令 <pre><code>cellranger mkref --genome=mm10-2020-A_premrna -
生成一个.tab文件,其文件名和路径由tab分隔
我刚刚开始学习linux CLI。我正在使用snippy工具比较需要.tab格式文件的多个文件。此制表符格式的文件应 -
计算每个区域的人类基因组三/二/单核苷酸含量
我正在寻找帮助,以计算沿染色体每个区域的人类基因组hg38的核苷酸背景。最好是这样的。 <blockquote> < -
程序来比对两个同源序列的fasta文件?
我有两组来自两个不同蝙蝠物种基因组的相应同源序列,每组都在自己的fasta文件中。 例如,对于