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如何将RDS中的dds转换为DGEList以便进行kegga()分析?
免责声明:我是R的新手! 我从<code>RNAseq</code>个实验中获得了一些差异表达数据,我正在尝试使用 -
如何将dds或DGEList对象转换为kegga()的可用参数?
我想对<code>RNAseq</code>的某些<code>kegga()</code>结果进行KEGG途径分析,但是我似乎无法将数据转换成<code>kegg -
DESeq2代码有助于分析R
我在设计一些正确的代码以使用R中的DESeq2时遇到了麻烦,如何查看与对照组相比在疾病患者中哪些基因 -
Seurat DimPlot-用不同的颜色突出显示特定组的细胞
对于可能很基本的问题,我深表歉意,但我无法弄清楚: 我有一个带有20个不同单元格组的Seurat对 -
在基因模型中寻找SNP位置
我一直在尝试使用提供每个SNP位置的SNP文件,并发现基因模型中的SNP,其中提到了基因名称,该基因的 -
在R
我正在在线关注本教程,以分析细胞类型之间的RNA序列数据。 <a href="https://combine-australia.github.io/ -
如果我对每个基因的原始信息是其ENSEMBL ID,如何使用select(org.Mm.eg.db)函数在R中注释我的基因?
我试图弄清楚如何使用以下方法注释我的一组基因,以便可以对注释后的差异表达基因进行途径分析 -
尝试在R
我正在尝试在R中安装fastqc以构建RNA-Seq分析管道,我已经尝试了所有方法,当我尝试使用“ install.packages -
使用ViSEAGO create_topGO加载自己的数据时出错
我无法使用自己的数据创建topGO对象。想知道是否有人可以帮助我! 我正在遵循ViSEAGO原始论文中 -
ViSEAGO教程:可视化topGO对象
之前,我拥有<a href="https://stackoverflow.com/questions/59639543/error-when-i-load-my-own-data-using-viseago-create-topgo">posted -
无法使用Aspera下载数据
我正在尝试使用<a href="https://www.ebi.ac.uk/ena" rel="nofollow noreferrer">European Nucleotide Archive (ENA)</a> CLI从<a href="h -
试图将参考基因组与STAR进行比对
我正在尝试在STAR 2.7.3a上建立参考基因组,以便可以将RNA-Seq的读数映射到该基因组。 这是我使用 -
使用nextflow代码并行运行进程
如何设置输入,以便可以并行运行每个样本? <pre><code>/* set some viarable */ params.reads = "/home/zhangfen -
系统命令在R
我已经在R中创建了一个<code>salmonify</code>函数,该函数将文件夹中的所有fastq文件都包含在内,然后使用< -
在R的Seurat中运行功能FindVariableFeature时单件黄土错误
但是,当我在R的Seurat程序包中运行函数FindVariableFeature时,发生了错误。 <pre><code>Tac <- FindVariableFe -
路径分析
在进行RNA_seq分析后,我得到了我感兴趣的基因,我希望根据它们的分子功能或干预的生物学过程对其进 -
处理来自基空间的FASTQ数据,照亮以生成计数矩阵
我刚刚开始学习R,并想分析我的Rna-seq数据。 我在basesapce中存储了fastq文件。但是这些文件很大( -
grid.Call.graphics(C_upviewport,as.integer(n))中的错误
我想创建一个热图,以我希望在R的Seurat中显示的顺序显示。 当我运行第一个数据时,它可以按预期运行 -
用R中的M3C处理来自pca()的数据帧中的数据帧中的“ 0”和“ -inf”
我有一个数据帧,该数据帧由colname中的sample_id,行名中的基因名和值矩阵(rnaseq tpm)组成。我想从M3C包 -
Snakemake无法读取R中的完整文件吗?
在执行量化(kallisto / salmon)之后,我正在使用一些快速的R脚本来绑定文件。 问题是,我得到一个R错误 -
DESeq2设计矩阵,在公式中包含RIN作为协变量
我一直在跟踪最后一个DESeq2管道来执行RNAseq分析。我的问题是,与对照样品相比,实验样品的rin含量非 -
如何根据目的基因拆分Seurat scRNAseq簇?
我正在使用Seurat软件包对来自scRNAseq数据的细胞进行聚类。 其中一个簇既包含高表达基因A的细胞,又包 -
生成fastQC报告
我正在使用<code>fastqcr</code> R包来生成fastq文件的多qc和单qc报告,用于RNAseq分析。虽然我的mlti-qc报告工作 -
对GEO数据集/配置文件执行复杂的查询
我目前正在使用TCGA的RNA seq数据来寻找Tpl2等特定基因与结肠癌之间的关系。谁能帮助我以最佳方式查询 -
同时循环测试多个数据集的Wilcoxon测试
我有一个问题,我是否可以对所有生成的表进行循环Wilcoxon测试。 基本上,我想在每个数据集的2个 -
RNA-seq-R-如何将基因长度导入RPKM计算的日期集中
因此,从原理上讲,对原始计数RNAseq文件进行标准化非常简单... 但是我的原始计数文件不包含基 -
生物导体单细胞RNA序列错误,assayData()函数不起作用,为什么?
我遵循论文“用于单细胞RNA测序的生物导体工作流程:归一化,降维,聚类和谱系推断”中的代码。但 -
将DGE分组以比较3组中的2组
好的,我有一个对照组(野生型),一个过表达和一个基因剔除。我想在线性模型拟合分析中比较OE与WT -
在R中集成的seurat对象上运行DoubletFinder的NormalizeData.default中的错误
我正在尝试对由于各种数据集集成而产生的seurat对象运行DoubletFinder。 Seurat对象有2种检测方法:R -
使用R从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据
我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据: <a href="https://i.stack.imgur.com/PpVrw.png" rel