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Seurat DimPlot-用不同的颜色突出显示特定组的细胞

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对于可能很基本的问题，我深表歉意，但我无法弄清楚：

我有一个带有20个不同单元格组的Seurat对象（所有单元格均在元数据中定义，并设置为 active.ident ）。其中10个是“已处理”的，而10个是“未处理的”（此信息也在元数据中）。

R Seurat package

我正在尝试制作一个DimPlot，以一次突出显示1个组，但是“已处理”和“未处理”的颜色应该不同。

我的工作代码以相同的颜色突出显示“已处理”和“未处理”：

DimPlot(integrated,label = T,group.by = "Treat",cells.highlight = WhichCells(integrated,idents = c("group1_untreated","group1_treated")),cols.highlight = c("darkblue","darkred"),cols = "grey")

正确的方法是什么？

任何建议，不胜感激！

casillas00 回答：Seurat DimPlot-用不同的颜色突出显示特定组的细胞

您可以从Seurat对象中提取UMAP坐标，然后使用ggplot来实现。 

library(tidyverse)

umap_tx = integrated@reductions$umap@cell.embeddings %>% 
as.data.frame() %>% cbind(tx = so@meta.data$Treat)

ggplot(umap_tx,aes(x=UMAP_1,y=UMAP_2,color=tx)) + geom_point() + 
scale_color_manual(values=c("group1_untreated" = "darkblue","group1_treated" = "darkred"))
bioinformaticsrrna-seqseurat
本文链接：https://www.f2er.com/3008817.html

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