在GraphPad Prism中使用R样式数据

2024-05-20 • 问答

我正在使用R进行数据分析，但是实验室中的其他所有人都使用GraphPad Prism，并且还要求我也使用该软件显示数据。在R中，我习惯于以“每行一个观测值”的方式处理数据，因此我可能会有类似的数据

Sample  Gene    treatment   fold change
1       GBP1    no IFN      -0,11
2       GBP1    no IFN      -0,05
3       GBP1    no IFN       0,02
4       GBP1    IFN          300
5       GBP1    IFN          200
6       GBP1    IFN          400
1       GBP2    no IFN      -0,5
2       GBP2    no IFN      -0,55
3       GBP2    no IFN       0,3
4       GBP2    IFN          100
5       GBP2    IFN          140
6       GBP2    IFN          200

虽然Graphpad希望数据的结构如下

       no IFN 1    no IFN 2    no IFN 3    IFN 1    IFN 2    INF3
GBP1   -0,11       -0,05       0,02        300      200      400
GBP2   -0,5        -0,55       0,3         100      140      200

所以我想知道是否有人知道将R样式数据导入GraphPad Prism 8的方法？我无法以一种可靠的方式用R自己进行转换。

最佳

尼古拉斯

您可以删除Sample列，为treatment列添加一个数字，然后使用pivot_wider获取宽格式的数据。

library(dplyr)

df %>%
  select(-Sample) %>%
  group_by(Gene,treatment) %>%
  mutate(treatment = paste0(treatment,row_number())) %>%
  tidyr::pivot_wider(names_from = treatment,values_from = fold_change)

# Gene  noIFN1 noIFN2 noIFN3 IFN1  IFN2  IFN3 
#  <chr> <chr>  <chr>  <chr>  <chr> <chr> <chr>
#1 GBP1  -0,11  -0,05  0,02   300   200   400  
#2 GBP2  -0,5   -0,55  0,3    100   140   200

数据

df <- structure(list(Sample = c(1L,2L,3L,4L,5L,6L,1L,6L),Gene = c("GBP1","GBP1","GBP2","GBP2"),treatment = c("noIFN","noIFN","IFN","IFN"),fold_change = c("-0,11","-0,05","0,02","300","200","400",5",55",3","100","140","200"
)),class = "data.frame",row.names = c(NA,-12L))

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