是否可能library()
仅影响本地范围?
例如,我的脚本有一个lapply
循环,该循环使用其他脚本中的source()代码;这些脚本加载了它们自己的库,但是我希望在执行这些脚本中的代码之后清理名称空间,以便脚本1调用的程序包A中的函数不会掩盖脚本2调用的程序包B中的函数。
我知道有modules
和import
软件包之类的完整解决方案,但我希望首先有一个更简单的base R解决方案,仅在需要时才进行扩展。
使用loadNamespace("pkg")
将加载'pkg'软件包的名称空间。使用library("pkg")
还将把'pkg'包附加到R的搜索路径。您可以查看使用loadedNamespaces()
加载了哪些名称空间,以及使用search()
附加了哪些软件包。这些属性对于R是全局的。换句话说,实际上不可能将它们设置为局部。
如果您希望在函数/ map-reduce调用中使用library()
,而不会导致library()
在当前R会话中附加该程序包,则可以按照其他人的建议评估调用在外部R程序中。
(免责声明:我是作者)我建议为此使用期货(future),您可以通过future.callr外部评估期货-callr的未来包装。 未来的框架将负责导出外部R流程所需的对象。 这是一个示例:
library(future)
plan(future.callr::callr,workers = 1)
y <- lapply((1:3)/4,FUN = function(x) value(future({
library(gtools)
logit(x)
})))
请注意如何创建期货并立即获取其价值,即value(future(...))
。为了阐明这一事实,您可以使用:
eval_via_future <- function(expr,substitute = TRUE,envir = parent.frame()) {
if (substitute) expr <- substitute(expr)
f <- future::future(expr,substitute = FALSE,envir = envir)
future::value(f)
}
library(future)
plan(future.callr::callr,FUN = function(x) eval_via_future({
library(gtools)
logit(x)
})))
如果您要避免让用户指定plan()
,请执行以下操作:
eval_via_callr <- function(expr,envir = parent.frame()) {
oplan <- future::plan()
on.exit(future::plan(oplan))
future::plan(future.callr::callr,workers = 1)
if (substitute) expr <- substitute(expr)
f <- future::future(expr,envir = envir)
future::value(f)
}
因此您可以这样做:
y <- lapply((1:3)/4,FUN = function(x) eval_via_callr({
library(gtools)
logit(x)
}))
不加载或附加 gtools (显然会加载未来和调用者所需的其他软件包);
> loadedNamespaces()
[1] "codetools" "grDevices" "listenv" "future" "ps"
[6] "memuse" "clisymbols" "prompt" "digest" "crayon"
[11] "rappdirs" "R6" "future.callr" "datasets" "utils"
[16] "callr" "graphics" "base" "tools" "parallel"
[21] "compiler" "processx" "stats" "globals" "methods"
> search()
[1] ".GlobalEnv" "package:stats" "package:graphics"
[4] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
[7] "CBC tools" "toolbox:default" "package:methods"
[10] "Autoloads" "package:base"
更新2020-07-26
这里是如何通过将来在外部R进程中获取R脚本的方法,同时又从主要R会话中提取了全局变量:
future_source <- function(file,envir = parent.frame(),...) {
expr <- parse(file = file,keep.source = FALSE)
expr <- bquote({..(expr)},splice = TRUE)
future::future(expr,envir = envir,...)
}
source_via_callr <- function(file,workers = 1)
f <- future_source(file,envir = envir)
future::value(f)
}
## Two R scripts
cat("log(a)\n",file="a.R")
cat("library(gtools)\nlogit(a)\n",file="b.R")
## A global
a <- 0.42
## Source scripts in external process
y <- lapply(c("a.R","b.R"),FUN = source_via_callr)