当我将dbRDA应用于距离矩阵(在本例中为Bray-Curtis距离)时,如下所示:
dbrda(sqrt(dist) ~ .,site_vars)
是否可以在site_vars
变量中包括一列有序因子,该变量是一个数据帧,具有在采样点处测量的值,例如平均温度,但其中还包括“土壤”列,其中订购了不同的土壤类型?还是有必要在公式的单独Condition
参数中添加所有序数和名义比例缩放变量?
这里有个小例子:
data <- rbind(
c(1,1,0),c(1,c(0,1)
)
rownames(data) <- c("Site_1","Site_2","Site_3","Site_4","Site_5")
colnames(data) <- c("Spec_1","Spec_2","Spec_3","Spec_4","Spec_5","Spec_6","Spec_7","Spec_8","Spec_9","Spec_10")
dist <- vegdist(data,"bray")
site_vars <- data.frame(
Tmean = c(9,10,12,14.5,14),SomethingElse = c(12,14,13,16,21),Soil = c("good","good","OK","bad")
)
site_vars$Soil <- ordered(site_vars$Soil,levels = c("good","bad"))
# Version 1
dbRDA_Condition <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Condition(Soil),site_vars)
plot(dbRDA_Condition)
# Version 2
dbRDA <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Soil,site_vars)
plot(dbRDA)
版本1似乎忽略了我的土壤变量已排名的事实。版本2生成的输出我很难理解,因为除了组质心之外,它还显示箭头。我期望土壤有1个箭头,好像它是一个数字变量,具有数字1、2和3而不是三个级别。但是,它显示了两个箭头,分别标记为Soil.L和Soil.Q。为什么一个变量有两个箭头? * .L和* .Q代表什么?不幸的是,我没有找到任何解释。