在Java中，二维数组实际上是数组的数组。您实例化了数组offset，但从未实例化它包含的单个数组。

因此，当您尝试分配给数组column的元素offset[row]时，

offset[row][column] = ... ;

您得到一个NullPointerException，因为offset[row]尚未初始化，但仍为null。

您需要做类似的事情

double[][] offset = new double[offsetTable.getItems().size()][];

for(int row = 0; row < offsetTable.getItems().size(); row++) {
    ObservableList cells =(ObservableList) offsetTable.getItems().get(row);
    offset[row] = new double[cells.size()];
    for(int column = 0; column < cells.size(); column++) {
        offset[row][column]= Double.parseDouble(cells.get(column).toString());
    }
}

请注意，您的TableView似乎设置不正确。您永远不要使用原始类型（ObservableList），而且我也看不出有理由使TableView本身的行可观察。另外，要填充数组，您需要将表中的值转换为String，然后将String解析为双精度数，这充其量是效率极低但容易出错的事情。

因此，您可能应该使用TableView<ObservableList>之类的东西，而不是TableView<List<Double>>，以便您可以这样做

double[][] offset = new double[offsetTable.getItems().size()][];

for(int rowIndex = 0; rowIndex < offsetTable.getItems().size(); rowIndex++) {
    List<Double> row = offsetTable.getItems().get(rowIndex);
    offset[rowIndex] = new double[row.size()];
    for(int column = 0; column < row.size(); column++) {
        offset[row][column]= row.get(column);
    }
}

实际上，使用此设置，甚至还不清楚是否需要转换为数组，因为您可以随时替换

offset[row][column]

使用

offsetTable.getItems().get(row).get(column)

任何时候您需要访问表中的数据。