hwloc + lstopo无法在双CPU机器上为Open-MPI生成拓扑

2024-05-12 • 问答

我一直在尝试设置一个双CPU工作站（Dell Precision 7820）以使用openmpi 2.1.1-8（在Ubuntu 18.04上已预装）运行本地并行作业，但是它无法运行并出现以下错误：

mpirun: pci-common.c:125: hwloc_pci_compare_busids: Assertion `0' failed.

检查pci-common.c的源代码，可以在assert（0）行之前找到注释，指出通常没有任何内容可以到达此点，并且将中止所有调试和非调试构建。尝试通过lstopo（hwloc中的程序）生成系统拓扑图也会失败，并显示类似的错误。

我能够本地编译较新版本的hwloc（与预安装的1.11.9-1相比为2.0.4），发现使用libpciaccess-编译hwloc时，我只能使lstopo生成拓扑图通过预装的标准libpciaccess0开发。使用不同的pciaccess库制作hwloc的摘要输出显示以下结果

Probe / display I/O devices: PCI(linux) LinuxIO GL

Probe / display I/O devices: PCI(pciaccess+linux) LinuxIO GL

，前者使用libpciaccess0进行编译，而后者使用libpciaccess-dev进行编译。再者，后者是唯一能够生成系统拓扑图的工具，而我对openmpi的印象是需要此信息以正确分散系统上的作业。我目前不确定如何对当前的openmpi软件包强制执行这些版本更改，或者不确定是否需要完全从源代码进行编译。是否有可能更简单的方法来解决此问题？

问题是通过反复试验解决的。首先，通过以下方法从系统中清除openmpi的安装（如果通过apt安装）：

sudo apt purge openmpi-bin
sudo apt purge openmpi-common

然后，从https://www.open-mpi.org/software/hwloc/v1.11/下载hwloc 1.11.13（可超声）并解压缩到本地目录。输入hwloc目录，然后在命令行中输入：

./configure
make
sudo make install

完成此操作后，从apt安装libhwloc5，然后安装openmpi：

sudo apt-get install libhwloc5
sudo apt-get install openmpi-bin
sudo apt-get install openmpi-common

Open-MPI现在应该按预期运行，并且您应该能够通过运行'lstopo'生成系统拓扑并通过运行'mpirun'来确保mpi正常运行。

希望这对以后遇到类似问题的人有所帮助！

hwloc + lstopo无法在双CPU机器上为Open-MPI生成拓扑

hll008 回答：hwloc + lstopo无法在双CPU机器上为Open-MPI生成拓扑

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