发生错误是因为标签已从显示的父节点中静默删除：

1. 您有您的TimerUtil类扩展窗格（我不知道为什么）。
2. 您将timeCounter文本添加到TimeUtil窗格中（同样，我也不知道为什么）。
3. 将timeCounter文本添加到TimeUtil窗格中将以静默方式将其从FXML加载程序注入其中的父级中删除。
4. 您可能只显示FXML加载程序注入的父级。
5. 您永远不会显示TimerUtil窗格。
6. 因此，即使您的时间轴上的文本正在更新，您也永远不会看到它。

要更好地了解您的错误，请阅读：

• JavaFX - Why does adding a node to a pane multiple times or to different panes result in an error?

从Node Javadoc：

如果程序将子节点添加到父节点（包括组，区域等），并且该节点已经是其他父节点的子节点或场景的根节点，则该节点会自动（且无提示）从其节点中删除前父母。

修复错误后，基本概念对我有用。这是我根据您的代码创建的可运行示例：

import javafx.animation.*;
import javafx.application.Application;
import javafx.geometry.Insets;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.layout.StackPane;
import javafx.scene.text.Text;
import javafx.stage.Stage;
import javafx.util.Duration;

public class Timer extends Application {
    private int tmp = 60;
    private Text counter = new Text();
    private Timeline animation = new Timeline(
        new KeyFrame(Duration.seconds(1),e -> updateCounter())
    );

    @Override
    public void start(Stage stage) {
        animation.setCycleCount(Timeline.INDEFINITE);
        animation.play();

        StackPane layout = new StackPane(counter);
        layout.setPadding(new Insets(20));
        stage.setScene(new Scene(layout));
        stage.show();
    }

    private void updateCounter() {
        if (tmp > 0){
            tmp--;
        } else {
            animation.stop();
        }
        counter.setText(String.valueOf(tmp));
        System.out.println(tmp);
    }

    public static void main(String[] args) {
        launch(args);
    }
}