我在一个Linux帐户上安装了miniconda3
,然后创建了一个环境py37
,安装了所有必需的软件包,并能够从第二个帐户启动ipython
并导入了该软件包想要导入:hail
。为此,我将文件夹miniconda3
中的所有权限更改为777
。不知何故,该命令在第二个帐户上运行时会卡住,但是在安装了miniconda3
的第一个帐户上执行时,该命令成功运行:
import hail as hl
---> mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3,n_samples=50,n_variants=100)
mt.count()
中间命令被卡住。没有错误,只是没有返回。当我在原始帐户上运行hl.balding_nichols_model
时,它还会警告我(但运行成功,并在mt.count()
中显示结果):
WARN NativeCodeLoader:无法在适用的平台上加载内置的Hadoop库...使用内置的Java类
问题是,在命令失败的另一个帐户上,我安装了Hadoop。因此,我有点怀疑这与某种原因有关。我完全被困住了,因此不胜感激任何建议。我需要这样做-在一个帐户上安装miniconda3
,然后从另一个帐户访问它-因为在第一个帐户上,我有TB的数据可用,但是在第二个帐户上,我有4 TB的数据可用空间,而且无法再进一步了不幸地扩展了。有了miniconda3
,我很快就会超越极限。
有关实际软件的其他信息,可以在这里找到:
https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html#installation
更新
我在节点上存在的python37
上分别安装了conda
,但由于某种原因它也不起作用,所以这不是权限问题,现在的问题仅限于该特定的Linux帐户。我安装了spark2.4
,但不能解决问题。因此,python脚本中的中间命令被卡住了,我什至不知道如何获取log
输出,那里发生了什么。