在其他Linux帐户上使用ipython:命令卡住了

我在一个Linux帐户上安装了miniconda3,然后创建了一个环境py37,安装了所有必需的软件包,并能够从第二个帐户启动ipython并导入了该软件包想要导入:hail。为此,我将文件夹miniconda3中的所有权限更改为777。不知何故,该命令在第二个帐户上运行时会卡住,但是在安装了miniconda3的第一个帐户上执行时,该命令成功运行:

     import hail as hl
---> mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3,n_samples=50,n_variants=100)
     mt.count()

中间命令被卡住。没有错误,只是没有返回。当我在原始帐户上运行hl.balding_nichols_model时,它还会警告我(但运行成功,并在mt.count()中显示结果):

  

WARN NativeCodeLoader:无法在适用的平台上加载内置的Hadoop库...使用内置的Java类

问题是,在命令失败的另一个帐户上,我安装了Hadoop。因此,我有点怀疑这与某种原因有关。我完全被困住了,因此不胜感激任何建议。我需要这样做-在一个帐户上安装miniconda3,然后从另一个帐户访问它-因为在第一个帐户上,我有TB的数据可用,但是在第二个帐户上,我有4 TB的数据可用空间,而且无法再进一步了不幸地扩展了。有了miniconda3,我很快就会超越极限。

有关实际软件的其他信息,可以在这里找到:

https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html#installation

  

更新

我在节点上存在的python37上分别安装了conda,但由于某种原因它也不起作用,所以这不是权限问题,现在的问题仅限于该特定的Linux帐户。我安装了spark2.4,但不能解决问题。因此,python脚本中的中间命令被卡住了,我什至不知道如何获取log输出,那里发生了什么。

jiandan103 回答:在其他Linux帐户上使用ipython:命令卡住了

“卡住”问题的答案可以在这里找到:

https://discuss.hail.is/t/spark-2-4-4-gets-stuck-in-initialization-phase/1178

我在 Hail 论坛上询问了此问题,然后在解决问题后在此回复了我。原来是空间问题:正在处理的分区上没有足够空间时, hadoop spark 日志应重定向到其他位置。>

本文链接:https://www.f2er.com/3077542.html

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