对基因表达数据中的簇数使用NbClust不起作用

2024-05-19 • 问答

我有一个标准化的基因表达数据，有2800行和600列。我需要找到簇的数量，我试图使用NbClust函数通过不同的方法计算簇的数量，并使用多数规则选择出现次数最多的数量。但是我收到以下错误：

library(NbClust) nb <- NbClust(ranked.expr,distance = NULL,min.nc = 2,max.nc = 10,method = "complete",index ="all")

但是我得到了错误：

Error in NbClust(ranked.exprs[1:2825,1:598],: The TSS matrix is indefinite. There must be too many missing values. The index cannot be calculated.

任何提示都可能是什么原因，我该如何使其工作？

您必须限制索引，因为其中一些索引不起作用（它们无法对数据进行计算）。通过反复试验，您可以获得index值的工作列表（有关index的可能值，请参见documentation of NbClust）。

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