如何在ggplot中分组和标记geom_col？

2024-05-19 • 问答

我正在尝试使用R和ggplot2从GraphPad复制图形。我有几种情况下的少量样品值：

df <- data.frame(Sample = c("blank","blank","A","B","C","C"),Condition = c("control","control","C1","C2","C2"),Value = c(0.719,1.25,0.687,8.19,4.68,3.53,14.1,7.11,8.8,6.48,7.05,4.82,6.32,4.97,6.97,5.5,7.22,6.89,8.89,6.83,8.73))

df$Sample <- factor(df$Sample,levels = c("blank","C")) 
df$Condition <- factor(df$Condition,levels = c("control","C2"))

我正在努力将它们按组（按条件）和标记（按样本）组织和绘制，如下所示：

我尝试使用fill和position="dodge"，但这完全不是我想要的：

df %>%
  ggplot + 
  aes(x = Sample,y = Value,fill = Condition) + 
  geom_col(position = "dodge")

请注意，我也想从图例中排除空白。

我正在尝试创建，绘制和标记另一列，例如：

df <- df %>%
  mutate(Sample.Condition = paste(Sample,Condition,sep = "."))

..但是它变得太复杂了。为了学习，我正在寻找简单，整洁的解决方案。谢谢！

最有效的解决方案可能是引入刻面。

df %>%
  ggplot + 
  aes(x = Sample,y = Value,fill = Condition) + 
  geom_col() +
  facet_wrap(~Condition)

我不知道您是否成功获得了自己的情节，如果您对此感兴趣，我找到了一种解决方法：

首先，我为您的数据集（这是在Graphpad上表示的内容）计算mean的{{1}}和sd，然后按照@Gregor的建议，创建一个新列是Values和Sample

的串联

Condition

然后，我们可以绘制数据：

library(dplyr)
df2 = df%>%
  group_by(Sample,Condition) %>%
  summarise(Mean = mean(Value),Sd = sd(Value)) %>%
  mutate(New_Var = paste0(Sample,Condition))

该图看起来与从GraphPad获得的图非常相似。我同意这不是一件容易的事，但是如果您真的想要这个情节，您可以得到它。

编辑-在图形上添加单个值

library(ggplot2)
ggplot(df2,aes(x = New_Var,y = Mean,fill = Condition)) +
  geom_bar(stat = "identity",color = "black",position = position_dodge(),width = 0.7) +
  geom_errorbar(aes(ymin = Mean - Sd,ymax = Mean + Sd),width = .2,position = position_dodge(.9)) +
  scale_fill_manual(values = c("black","grey","red"),labels = c("Control","Condition 1","Condition 2")) +
  scale_x_discrete(limits = c("blankcontrol","AC1","BC1","CC1","AC2","BC2","CC2"),labels = c("Blank","A","B","C","C")) +
  theme(axis.text.x = element_text(face = "bold",angle = 45),legend.title = element_blank()) +
  xlab("") +
  scale_y_continuous(limits = c(0,15),breaks = c(0,5,10,15))

library(dplyr)
dfX= df %>%
  mutate(New_Var2 = paste0(Sample,Condition))

您将获得以下图形：

但是，每个条件下只有3个点，我宁愿将均值表示为一个点，而sd则作为误差线。这样的事情。

library(ggplot2)
ggplot(df2,15))+
  geom_jitter(data = dfX,aes(x = New_Var2,y = Value),position=position_jitter(0.3),show.legend = F)

和结果图：

但这只是我个人的意见，由您决定;）

如何在ggplot中分组和标记geom_col？

vbsnowy 回答：如何在ggplot中分组和标记geom_col？

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