我总共有78个ATAC seq样本，我试图从中进行峰值调用。我尝试了此batchParallel.pl findPeaks peaks函数，但找不到输出它产生的内容。

所以我尝试使用循环，但是由于我猜参数使用不正确，因此再次未写入峰值文件。

这些是我的示例目录，其中包含所有标签

SRR2920564  SRR2920565

我用荷马制作标签目录，现在我用它来进行峰检。

这是我的命令。

for d in */ ; do findPeaks $d -style factor -o auto "${d}.txt" ; done 

我确实运行了循环，该循环成功运行，每个文件在相应文件夹中均被写入peak.txt。

我需要的是所有peakfile应该写为目录名。

我问了问题here，我在哪里做了建议的工作，但是行得通，但我不想做。

后来我尝试了这个

 for d in */; do findPeaks ${d} -style factor -o auto ${d}/$(basename $d)_peakFile.txt;done

但是结果是我在每个文件夹中都得到了peak.txt，而不是像目录为“ SRR2920564”那样，那么我的峰文件应该与SRR2920564.txt写入相同的目录中>

任何建议或帮助将不胜感激。