我是ggplot2的新手，所以这可能是我不知道的简单错误。

我正在使用此功能来创建我的一些数据的小提琴图。有争议的数据是两种蛋白质在ChIP-seq读法的两个条件之间的对数倍数变化，我们怀疑在转录过程中遵循RNAPII，但是我认为这并不重要。唯一的是，我希望该函数创建两个图：一个用于在治疗条件下显示RNAPII增加的基因，另一个用于显示减少的基因。

Vioplot_LogFC = function(quant1,quant2,f,info = c("Quantif 1","Quantif 2","Factor")){


quant1_s = sample(quant1,length(f$top))
quant1_f = quant1[f$top]
quant2_s = sample(quant2,length(f$top))
quant2_f = quant2[f$top]

LogFC = c(quant1_s,quant1_f,quant2_s,quant2_f)
Factor = c(rep(info[1],length(quant1_s)+length(quant1_f)),rep(info[2],length(quant2_s)+length(quant2_f)))
Group = c(rep("Random",length(quant1_s)),rep("PolII increase",length(quant1_f)),rep("Random",length(quant2_s)),length(quant2_f)))

toplot=data.frame(LogFC,Factor,Group)

p1 = floor(-1*log10(wilcox.test(quant1_f,quant1_s)$p.value))
p2 = floor(-1*log10(wilcox.test(quant2_f,quant2_s)$p.value))

label1 = paste0(info[1],"; p<10^-",p1)
label2 = paste0(info[2],p2)

plot1 = ggplot(toplot,aes(x=Factor,y=LogFC,fill=Group)) +
    geom_violin() +
    scale_x_discrete(labels=c(label1,label2)) +
    scale_y_continuous(name="Log Fold Change") +
    scale_fill_discrete(name="Gene Group") +
    theme_bw()

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quant1_s = sample(quant1,length(f$bot))
quant1_f = quant1[f$bot]
quant2_s = sample(quant2,length(f$bot))
quant2_f = quant2[f$bot]

LogFC = c(quant1_s,rep("PolII decrease",p2)
plot2 = ggplot(toplot,label2)) +
    scale_y_continuous(name="Log Fold Change") +
    scale_fill_discrete(name="Gene Group") +
    theme_bw()

plot1
plot2


}

我总是在pdf(...) dev.off()内使用此功能，但是pdf仅包含一个图。

是否由于两次使用相同的数据和名称而出现问题？创建第一个绘图后，是否应该使用一个clear()函数以创建新的绘图？