我收到一条错误消息tryinh以安装Prokka

我正在尝试安装名为prokka(http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml)的软件 但是我安装时出错。

我尝试通过git hub clone指示进行安装: 并得到了这个:

无法在@INC中找到XML / Simple.pm(您可能需要安装XML :: Simple模块)(@ INC包含:/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64- linux-thread-multi /home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/paulo/anaconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/paulo/anaconda3/lib/5.26。 2。)在/ home / paulo / prokka / bin / prokka第29行。 BEGIN失败-在/ home / paulo / prokka / bin / prokka第29行中,编译中止。

我尝试通过以下方式安装XML:

sudo cpan install

但没有成功。

我还按照要求依次安装了所有其他依赖项,但似乎不起作用。

然后我尝试使用conda并得到了它:

  

错误conda.core.link:_execute(700):发生错误   安装包'bioconda :: perl-algorithm-diff-1.1903-pl526_2'。   回滚事务:完成[Errno 13]权限被拒绝:   '/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/Algorithm'()

现在我不知道该怎么办。

有帮助吗?

谢谢您的时间。

Paulo

ferfrevervr 回答:我收到一条错误消息tryinh以安装Prokka

  

我尝试使用以下命令安装XML:sudo cpan install但没有用。

准确了解此操作如何失败将很有帮助。您收到什么错误消息。

您没有说要尝试使用哪种系统,但是如果您使用的是Linux发行版,则几乎可以肯定有一个XML :: Simple的预构建包。在基于Red Hat的系统上尝试sudo dnf install Perl-XML-Simple,在基于Debian的系统上尝试sudo apt-get install libxml-simple-perl

,

只需创建一个conda更新,创建一个env prokka就可以了。 谢谢您的帮助和宝贵的时间。

Paulo

本文链接:https://www.f2er.com/3122793.html

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