我有一个file.fasta像这样：

>NODE_1_length_4203_cov_583903
CCCCCAGTAATTGTGCTGCGCGGCGATGCTAACAAGTTAAAATGCTATCGCTGAGCTAAG
AAAAAGCATGGAAGCTTGGTAAAGTactACAGTactACGTGAATGTaccATCAGATTGTG
TTTGTTAGTCGCGCTTTTTTTTTTTTGGAATTTTTTGGAATTTTTTTTGCGCTAACAacc
TCCTGCCGTTTTGCCCGTGCATATCGGTCACGAACAAATCTGATTactAAACACAGTAGC
CACGGGTGGTAAGAGCAGC
.
.
.
>NODE_2_length_1959_cov_102497
ATATAAAAAAAAAAGGAactCCAAAATGCAAAAAATGTACAAATCTAGAactCAAAATCA
TGAATTAACAAAAAAAAAAGCCCAAAAGAAAAGCATCactTGGAATGCAAGAATTTCATC
ATGGAACATAAAAATATAATGAAAATATAACAATCATGGAAGGCAactGTCATCAAATAA
CAAATCTGAAAAAAATCTCAATGCATCAAGAAAAAACAGAAGCGGTAAAAGCCGTTGacc
TTCTTTGCCTAATGAAATAGAAACAATGCAGAAGTACATCCTGTaccTactGACactTAG
ATGTTGATGCTCCTGTTGTTACACGGGTGGTAAGAGCAGCTCTGGactCGGCGCGCCGTT
TTGGAGGTTGGGTGGATCCTAGTCCaccTGGAAAAATGGCCACACAAAGGGTGTCTAGAA
.
.
.

我想查找特定字符串的所有匹配项（例如“ CACGGGTGGTAAGAGCAGC”） 我通过使用grep来做到这一点，例如：

grep -E "CACGGGTGGTAAGAGCAGC" file.fasta

然后我要对所有出现的“ cov”值求和。因此，脚本必须查找出现的内容，并且对于每个出现的内容都必须向上移动到以“>”（或包含单词“ cov” ...是相同的...）开头的更近的行，并可能将其打印为像这样的列表：

>NODE_1_length_4203_cov_583903
>NODE_2_length_1959_cov_102497

，然后将cov的值求和，如下所示： 583903 + 102497 =686400‬

如果您愿意，它甚至可以在一种解决方案中完成所有操作，例如： 查找出现的事件，然后对找到的所有出现的事件求和所有cov参数的值（相对于以“>”开头的每个出现在上一行的值）。