设置中点以在热图上连续发散色标

2024-05-03 • 问答

我需要通过ggplot2调整热图的中点位置。我在Google周围搜索，发现scale_fill_gradient2非常适合，但颜色似乎与我要寻找的不匹配。我知道z需要从0到1的范围。以下示例数据集生成：

library(ggplot2)
library(tibble)
library(RColorBrewer)

set.seed(5)
df <- as_tibble(expand.grid(x = -5:5,y = 0:5,z = NA))
df$z <- runif(length(df$z),min = 0,max = 1)

我尝试使用scale_fill_gradient2进行绘制，但是蓝色并不像我所希望的那样呈“深色”。

ggplot(df,aes(x = x,y = y)) + 
  geom_tile(aes(fill = z)) + 
  scale_fill_gradient2(
    low = 'red',mid = 'white',high = 'blue',midpoint = 0.7,guide = 'colourbar',aesthetics = 'fill'
  ) + 
  scale_x_continuous(expand = c(0,0),breaks = unique(df$x)) + 
  scale_y_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$y))

因此，我将scale_fill_distiller与调色板“ RdBu”一起使用，该调色板带有我需要的色标，但范围和中点不正确。

ggplot(df,y = y)) + 
  geom_tile(aes(fill = z)) +
  scale_fill_distiller(palette = 'RdBu') + 
  scale_x_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$x)) +
  scale_y_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$y))

是否有办法获得第二个色标，但可以选择将中点范围设置为第一个？

colorspace软件包提供的色标通常可以让您进行更细粒度的控制。首先，您可以使用相同的色标，但要设置中点。

library(ggplot2)
library(tibble)
library(colorspace)

set.seed(5)
df <- as_tibble(expand.grid(x = -5:5,y = 0:5,z = NA))
df$z <- runif(length(df$z),min = 0,max = 1)

ggplot(df,aes(x = x,y = y)) + 
  geom_tile(aes(fill = z)) + 
  scale_fill_continuous_divergingx(palette = 'RdBu',mid = 0.7) + 
  scale_x_continuous(expand = c(0,0),breaks = unique(df$x)) + 
  scale_y_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$y))

但是，正如您所看到的，这会产生与以前相同的问题，因为您必须离中点较远才能获得更暗的蓝调。幸运的是，发散度色标可以让您独立地控制任一分支，因此我们可以创建一个可以更快地变为深蓝色的色标。您可以和l3，p3和p4一起玩，直到获得所需的结果。

ggplot(df,mid = 0.7,l3 = 0,p3 = .8,p4 = .6) + 
  scale_x_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$y))

^{由reprex package（v0.3.0）于2019-11-05创建}

Claus的回答很好（我很喜欢他的作品），但是我想补充一点，如果您使用scale_fill_gradientn()函数，您也可以在vanilla ggplot中保留控制权：>

library(ggplot2)
library(tibble)

set.seed(5)
df <- as_tibble(expand.grid(x = -5:5,y = y)) + 
  geom_tile(aes(fill = z)) + 
  scale_fill_gradientn(
    colours = c("red","white","blue"),values = c(0,0.7,1)
  ) + 
  scale_x_continuous(expand = c(0,breaks = unique(df$y))

一个明显的缺点是，您必须在重新缩放的空间中提供values参数，因此必须在0-1之间。考虑一下您的填充值是否在0-10范围内，并且希望中点在0.7上，您必须提供values = c(0,0.07,1)。

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lesswell 回答：设置中点以在热图上连续发散色标

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