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使用自动绘图和ensdb成绩单时，是否有可能超越R包ggbio中的x轴范围？

• 问答

我正在尝试使用ggbio绘制基因转录本。我想绘制一个非常特定的范围，使其与我的ggplot2图匹配。问题是我的示例图最终的范围为133,567,500-133,570,000，而与GRange无关，无论我是否指定xlim。

此示例应仅绘制一小部分内含子（细箭头线），而绘制其间的完整2个外显子和内含子。我相信自动绘图功能可以绘制出整个范围内的一个或多个成绩单，并扩大范围以适应该范围。 

  library(EnsDb.Hsapiens.v86)
  library(ggbio)
  ensdb <- EnsDb.Hsapiens.v86
  mut<-GRanges("10",IRanges(133568909,133569095))
  gene <- autoplot(ensdb,which=mut,names.expr="gene_name",xlim=c(133568909,133569095))
  gene.gg <- gene@ggplot
  png("test_gene_plot_5.png")
    gene.gg
  dev.off()

有什么办法可以超越它吗？我查看了自动绘图的手册页，无法缩小可以解决该问题的选项。其他人已经说过使用xlim，但这似乎并没有改变

我喜欢ggbio，因为它可以使ggplot2对象与其他ggplot2对象一起绘制。我还没有看到使用Gvis等其他方法的示例。但是，如果可以将其他方法与我现有的情节结合起来，我会接受其他方法。

谢谢！

艾米

qq376055355 回答：使用自动绘图和ensdb成绩单时，是否有可能超越R包ggbio中的x轴范围？

这取决于您是否要裁剪或压缩数据。通常，自动绘图会在某个点上输出一个ggplot对象，该对象可以这样操作。

对于压缩数据：

library(GenomicRanges) # just to be sure start and end work
gene@ggplot + 
  scale_x_continuous(limits = c(start(mut),end(mut)),oob = scales::squish)

enter image description here

对于剪切的数据：

gene@ggplot + 
  coord_cartesian(xlim = c(start(mut),end(mut)))

enter image description here

但是，老实说，我不确定这是否是最有信息的沟通方式，说明您正在绘制内含子的内部。

或者，我写了一个无法通过自动绘图方法工作的基因模型geom（如果要自定义所有内容，有时会很痛苦）。缺点是您必须进行一些手动基因搜索和设置美观。好处是它可以像大多数其他几何一样工作，因此很容易与其他数据组合。

library(ggnomics) # from: https://github.com/teunbrand/ggnomics

# Finding a gene's exons manually
my_gene <- transcriptsByOverlaps(EnsDb.Hsapiens.v86,mut)
my_gene <- exonsByOverlaps(EnsDb.Hsapiens.v86,my_gene)
my_gene <- as.data.frame(my_gene)

some_other_data <- data.frame(
  x = seq(start(mut),end(mut),by = 10),y = cumsum(rnorm(19))
)

ggplot(some_other_data) +
  geom_line(aes(x,y)) +
  geom_genemodel(data = my_gene,aes(xmin = start,xmax = end,y = max(some_other_data$y) + 1,group = 1,strand = strand)) +
  coord_cartesian(xlim = c(start(mut),end(mut)))

enter image description here

希望有帮助！

ggplot2plotr
本文链接：https://www.f2er.com/3165661.html

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