使用purl从Rnw文件中获取.Rmd文件

2024-05-03 • 问答

我已经对.Rmd文件进行了一些分析。现在，我想在报表中使用在此文件中创建的一些对象，这些报表正在以.Rnw文件的形式编写。由于从Sweave切换为knittr作为编织引擎，因此会发生以下情况：

如果我在控制台中运行行purl(input = 'myfile.Rmd',output = 'myfile.R')，则会得到一个.R文件，该文件仅包含.Rmd文件中的R个块。那就是我想要的。但是，如果我将此行放入.Rnw文件并进行编织（即.Rnw文件），则最终会得到myfile.R并且没有错误，但是它完全为空（除了换行符为出于某些原因）。

我还尝试将knitr::opts_chunk$set(purl = TRUE)和knit_hooks$set(purl = hook_purl)放在.Rmd文件中，然后在我的.Rnw文件中使用knit()代替purl()，但是结果是一样。

以下是一个小示例：

test.Rnw

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  purl(input = 'test.Rmd',output = 'test.R')
@

\end{document}

test.Rmd

```{r}
answer <- 42
```

预期输出：

## ------------------------------------------------------------------------
answer <- 42

实际输出：

有人对此有经验吗？这是错误还是我错过了什么？谢谢您的帮助！

@Cl. 的猜想是正确的。函数 <label> Your name [text* your-name] </label> <label> Your email [email* your-email] </label> <label> Assunto [text* your-subject] </label> <label> Your message (opcional) [textarea your-message] </label> [submit "Send"] 引入了很多副作用，包括设置解析模式。在这种情况下，我强烈建议您在单独的 R 会话中运行 knitr::knit()。一种方法是改变

purl()

到

purl(input = 'test.Rmd',output = 'test.R')

这确保在新的 R 会话中调用 xfun::Rscript_call(purl,list(input = 'test.Rmd',output = 'test.R'))，该会话（几乎）独立于当前 R 会话，因此当前 R 会话中设置的解析模式不会影响新 R 会话的 {{ 1}} 次调用。

根据?purl：

编织器将尝试根据输入文档的文件扩展名来确定图案列表，例如Rnw个文件使用列表apat$rnw，tex使用列表apat$tex，brew使用apat$brew，HTML文件使用apat$html

但是显然，这还不是全部。请注意，purl essentially is just a wrapper to knit。我的猜测是，在编制RNW文档的同时，有一些全局选项集使knit仅查找类似RNW的模式，即使您正在purl中从RNW文件。

要解决此问题，请在pat_md()之前调用purl()来显式设置Markdown模式。然后，恢复以前的模式，以免干扰RNW文档的其余部分。

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  opat <- knit_patterns$get()
  pat_md()
  purl(input = 'test.Rmd',output = 'test.R')
  knit_patterns$set(opat)
@

\end{document}

使用purl从Rnw文件中获取.Rmd文件

jing35711 回答：使用purl从Rnw文件中获取.Rmd文件

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