我有一个 ped 和一个包含 90 个种群的地图文件，我希望使用 PLINK 分别对这些种群中的每一个执行 MAF 过滤器。最终输出可以是每个家族的单独输出，或者在最佳情况下，一个包含每个家族剩余（或排除）变体的数据集。
我是否应该先将 map 和 ped 文件拆分为 90 个其他 map 和 ped 文件（每个家庭一个），然后对每个种群执行 PLINK 命令？或者有没有办法让 PLINK 同时完成这两个步骤？
提前致谢！
zhy123456789zhy 回答：如何在 PLINK 中分别对每个家庭进行 MAF 分析？
已解决：使用命令 --freq --family，按照我的需要创建表。现在我只需要根据“MAF”列对其进行过滤即可。