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尝试阈值时为空的熊猫数据框
我正在尝试对包含基因ID和统计信息的熊猫数据框进行阈值处理。我的python程序的输入是config.yaml文件, -
用DNA字母替换数字基因型代码
如何用DNA字母替换数字基因型代码? 我有一个修改后的vcf文件,如下所示: <code>Option Explicit Sub -
在FBA之后访问.summary的值
我正在尝试在FBA分析之后访问汇总表的值,或更确切地说是访问不同的通量值。我无法使用模块cobra.flux_ -
在Python中解析.pdb文件并为特定记录类型创建字典
首先,让我开始说,我是作为Python练习来这样做的,并且<strong>不允许使用Biopython </strong>。 我正 -
具有VAST缩放功能的MS / Metabolomics R软件包
我正在寻找包含VAST缩放比例的MassSpec / Metabolomic R分析软件包。我真的很感谢任何指示。 -
您可以选择使用BufferedWriter写入哪一行吗?
我有一个程序,可以对数据进行排序并根据这些数据创建百分比值。我正在使用<a href="https://docs.oracle.com -
模块:加载NAMD模块时找不到命令
我正在尝试输入 <blockquote> “>模块加载namd2 / multicore-2.11” </blockquote> 在Linux bash终端上, -
通过将第一行保留在bash中,删除与特定模式匹配的所有行
我想通过删除除第一行匹配模式'FAT1'以外的所有行来编辑gtf文件,并修改坐标(第3列和第4列)。 <pr -
根据vcf表数据在字符串中更改宪章
我有一个长字符串文件(<code>b'\x04\xea\x9cZ\x84\x0e\xa9\xc5\xa8|\x00@\x04\x11\r\x0b\x0f\x80\x00\x00,\xc0\x00\x00\x00\x00\x -
使用awk打印标题名称和子字符串
我尝试使用此代码打印基因名称的标题,然后根据其位置提取子字符串,但这不起作用 <pre><code>$VAR1 -
使用Biopython的Fasta文件中序列的染色体位置
我需要从各个基因组序列数据中得出一个简短的串联重复序列(STR)。我正在尝试使用BioPython。当我搜 -
尝试读取FASTA格式的文件,然后写入Genbank格式的另一个文件
尝试使用<strong> BioPython </strong>中的<strong> Seq </strong>和<strong> SeqIO </strong>对象读取包含基因组序列的文件 -
每两行保存到一个文件中
我尝试读取文件并每2行创建一个新文件。新文件应保存在其他目录中。第一行应该是文件名,第二行应 -
python-如何在匹配两个字符串时获取字符串匹配位置
我想得到两个字符串的匹配位置,如下例所示: <pre><code>sequence = "MTGLKILYH" alignment = "GPKI---LY -
我可以仅使用PDB文件执行PCA(在python3.x中使用MDAnalysis)吗?
我可能比与代码相关的问题更具技术性。我尝试仅使用PDB文件执行PCA(带有MDAnalysis软件包)-这个pdb文件 -
如何分割os.path.basename的输出,并仅在yaml词典创建的同一行中采用唯一的输出?
我正在创建用于yaml文件生成的字典,但只想恢复标记为“ Unmap_98_01.fastq”和Unmap_98_02.fastq的文件的唯一 -
Phyloseq,如何通过merge_samples获得相对丰度?
我正在尝试使用Phyloseq软件包的merge_sample选项获得相对丰度。 当我计算所有样本的每个Phylum的平均 -
比较Fasta序列与多播文件的子字符串并更改ID名称
我正在尝试比较两个multifasta文件。一种具有microRNA前体(70nt),另一种具有成熟的microRNA(22nt)。我想 -
如何循环运行bash脚本
我编写了一个bash脚本,以提取子字符串并将其从两个看起来像这样的两个输入文件中保存到输出文件中 -
在miniconda环境中找不到模块错误Bio
我将bio python安装为 <code>pip install biopython</code>和<code>conda install -c conda-forge biopython</code>。我在站 -
获得特定NCT ID历史的临床试验
我需要以下地点的特定临床试验NCT ID的完整历史记录:<a href="https://clinicaltrials.gov/" rel="nofollow noreferrer">h -
比较三组配对数据和limma。如何进行配对设计
所以我正在使用r,并带有Bioconductor(oligo),(limma)软件包来分析一些微阵列数据。 配对分析时 -
在计算生物学中,BLAST非冗余数据库和Uniref50数据库有什么区别?
我尝试使用Psipred通过使用两个数据库来获取二级结构属性,并且发现两个数据库的输出都不相同。我是 -
Seurat DimPlot-用不同的颜色突出显示特定组的细胞
对于可能很基本的问题,我深表歉意,但我无法弄清楚: 我有一个带有20个不同单元格组的Seurat对 -
无法使用生物python TreeConstruction工具模块创建后门树
尝试使用biopython创建基本的系统树,特别是遵循此文档页面<a href="https://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Phylo.Tree -
如何使用fasta文件而不是biopython中的蛋白质序列字符串创建多个序列比对
我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个序列比对。但是,在《 Biopython Cookbook》 -
如何修剪或填充序列以达到一定长度bio python
最简单的方法是修剪或填充一组biopython fastfa文件,直到它们都具有一定的长度,以便我可以将它们添加 -
Tax4fun R软件错误; dimnames(x)<-dn中的错误:'dimnames'[1]的长度不等于数组范围
我正在r软件中使用名为Tax4fun的软件。我使用以下命令 <pre><code>#Load the package library(Tax4Fun) #Import the da -
排序整个unisprot_sport数据库,以查找与我已经设置的最相似的蛋白质序列
我希望能够使用成对分数内置参数来确定与另一个序列最相似的40个序列。最简单的方法是什么?顺便说 -
从HTAFeatureSet表达式数据获取探针名称
我想知道如何为R中<code>HTAFeatureSet@assayData$exprs</code>对象中的每一行获取<em>探针名称</em>。 当我对