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将杂原子添加到pdb文件
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后,我想向Biopython生成的Biopython结构对象中添加一些新原 -
有没有办法将PDB文件中每个生物程序集的链分开?(python脚本)
我想在PDB文件中分离属于特定生物程序集的链ID。 例如,PDB ID 1BRS具有3个生物程序集 生物组装1:-链A和D -
Python:使用pyseqlogo
我正在尝试使用该程序使用pyseqlogo在python中绘制序列徽标。该程序打开用户输入的文件,通过seqLength矩 -
函数并行化Python
我的代码的目标是对由称为biopython的生物信息软件提供的xml文件进行一些计算。该程序生成一个如下所 -
删除重复的fasta序列(biopython方法的重击)
你好,我有一个Fasta文件,例如: <pre><code>>sequence1_CP [seq virus] MQCKSGTNNVFTAIKYTTNNNIIYKSENNDNIIFTKNIFNVVTTKD -
如何将Phylo树保存到文件?
我正在努力将Phylo树保存到文件中。它显示在Jupyter Notebook中,但文件为空白。 我浏览了很多文档 -
如何从FASTA文件中删除某些行,然后计算设置文件的k-mers?
这是我的代码,但是我不太确定,为什么它不起作用,请帮助。 :) 我知道这两个不同的定义是什么,但 -
使用biopython在PubMed中搜索术语列表
我在pandas数据框列中有一系列术语,我想用它们来搜索PubMed以查找它们在文献中出现的频率。我正在尝 -
在Python中解析.pdb文件并为特定记录类型创建字典
首先,让我开始说,我是作为Python练习来这样做的,并且<strong>不允许使用Biopython </strong>。 我正 -
在已安装的其他文件夹中使用python程序中的python库(Biopython)
我通常喜欢在文本编辑器中制作python程序,然后在完成后(而不是行参数)运行它们。因此,我将这些.p -
IndexError:布尔索引与维度0上的索引数组不匹配;维度为70,但相应的布尔维度为8000
[在此处输入图片描述] [1]完整代码如下。 <a href="https://github.com/m3h0w/protein-dihedral-angles-prediction/blo -
使用Biopython的Fasta文件中序列的染色体位置
我需要从各个基因组序列数据中得出一个简短的串联重复序列(STR)。我正在尝试使用BioPython。当我搜 -
尝试读取FASTA格式的文件,然后写入Genbank格式的另一个文件
尝试使用<strong> BioPython </strong>中的<strong> Seq </strong>和<strong> SeqIO </strong>对象读取包含基因组序列的文件 -
比较Fasta序列与多播文件的子字符串并更改ID名称
我正在尝试比较两个multifasta文件。一种具有microRNA前体(70nt),另一种具有成熟的microRNA(22nt)。我想 -
在miniconda环境中找不到模块错误Bio
我将bio python安装为 <code>pip install biopython</code>和<code>conda install -c conda-forge biopython</code>。我在站 -
无法使用生物python TreeConstruction工具模块创建后门树
尝试使用biopython创建基本的系统树,特别是遵循此文档页面<a href="https://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Phylo.Tree -
如何使用fasta文件而不是biopython中的蛋白质序列字符串创建多个序列比对
我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个序列比对。但是,在《 Biopython Cookbook》 -
如何修剪或填充序列以达到一定长度bio python
最简单的方法是修剪或填充一组biopython fastfa文件,直到它们都具有一定的长度,以便我可以将它们添加 -
排序整个unisprot_sport数据库,以查找与我已经设置的最相似的蛋白质序列
我希望能够使用成对分数内置参数来确定与另一个序列最相似的40个序列。最简单的方法是什么?顺便说 -
BioPython:将JSON键值展平到Pandas DataFrame
我需要一个搜寻器模块,该模块可以针对多个给定关键字(例如Eye)和预先指定的时间窗口(例如01/01/20 -
如何有效地读取大型XML文件并创建自定义对象? (Biopython SeqIO)
我正在编写一个程序,该程序从UniProt提取一个充满蛋白质序列的大型XML文件,并对它们进行分析。我已 -
Biopython:如何在NCBI中下载所有肽序列(或与特定术语相关的所有记录)?
我想以fasta格式下载NCBI蛋白质数据库中的所有肽段序列(即>和肽段名称,后接肽段序列),我看到有一 -
BioPython KeyError
我是INTRO数据科学课程的MPH学生,并且具有编程的初学者知识。我在Win32上运行Python 3.7.4(默认,2019年8 -
如何从FASTA文件中进行多个成对比对并打印相似百分比?
我想对FASTA文件中包含的每个蛋白质序列进行成对比较,然后打印序列相似性百分比(平均值或单个)。 -
如何检查1排50个碱基的DNA序列是否包含DNA结合基序?
我有一个DNA序列文件,其中有2000行,每行50个碱基。.<br/> 我有2000行的标签文件...具有0和1。<br/> 对应于D -
如何为多状态PDBfile中的原子重新编号?
我无法提出解决问题的想法,因此我无法继续进行研究。我还没有做到这一点,因此我在计算和生物信 -
Biopython.PDB.NeighboursSearch
我想使用biopython对mmcif文件上的给定链标识符执行邻居搜索, 但无法正常工作。我正在尝试重制本教程 -
有没有办法在Biopython中将PhyML与智能模型选择一起使用?
现在,我正在使用PhyML和Biopython中的智能模型选择进行搜索。 根据PhyML的官方文献(SMS:PhyML中的 -
无法读取斯德哥尔摩格式的所有对齐方式:UnicodeDecodeError:'utf-8'
我有一个斯德哥尔摩格式的文件,我正在尝试使用Biopython软件包读取它。代码如下: <pre><code>import nu -
如何修复没有名为“ src.alphabet”的模块错误?
当我写这行代码时: <pre><code>from src.alphabets import Uniprot21 </code></pre> 我遇到了问题: <pre><code>N