如何将Phylo树保存到文件?

我正在努力将Phylo树保存到文件中。它显示在Jupyter Notebook中,但文件为空白。

我浏览了很多文档,也浏览了很多Google文档...如何获取要打印到文件的树?

# Read in alignment
aln = AlignIO.read("v4.fna","fasta")

# Calculate the distance matrix
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)

# Visualize neighbor joined tree
constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.nj(dm)
fig = plt.figure(figsize=(10,20),dpi=100)
axes = fig.add_subplot(1,1,1)
Phylo.draw(tree,axes=axes,label_func=get_label)
plt.show()
plt.savefig('v4.png')
zhaojun730730 回答:如何将Phylo树保存到文件?

只需在do_show调用中为Phylo.draw指定False。

Phylo.draw(tree,axes=axes,label_func=get_label,do_show=False)

我还记下了plt.show()

,

使用plt.show()将使其以后无法保存。 我在文档中找不到对此的具体解释。

尝试plt.savefig('v4.png')之前先做plt.show()

本文链接:https://www.f2er.com/3079234.html

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