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Seurat中的FindVariableFeatures函数产生“ match(x,table,nomatch = 0L)中的错误:'match'需要向量参数”
我正在RStudio中运行Seurat V3,并尝试在新子集的对象上运行PCA。作为该过程的一部分,我正在使用以下命 -
Seurat DimPlot-用不同的颜色突出显示特定组的细胞
对于可能很基本的问题,我深表歉意,但我无法弄清楚: 我有一个带有20个不同单元格组的Seurat对 -
将TPM数据转换为Seurat的读取计数
我想用Seurat在R中进行分析,但是为此,我需要一个具有读取计数的计数矩阵。但是,我要使用的数据在< -
在R的Seurat中运行功能FindVariableFeature时单件黄土错误
但是,当我在R的Seurat程序包中运行函数FindVariableFeature时,发生了错误。 <pre><code>Tac <- FindVariableFe -
DoHeatmap函数Seurat-数据帧中的错误:参数暗示行数不同
我正在尝试使用Seurat中的DoHeatmap函数来显示一些定义的簇中许多基因的表达。 B_cells是我的Seurat对象。</p -
umap突出了两种不同的模型
我正在尝试为来自人类样本和ptx样本的单细胞数据创建一个umap。我可以将umap显示到显示具有不同簇的uma -
加载数据错误(Read10X,Seurat-引导式群集指南)
我正在尝试遵循Seurat网站上的教程。 <a href="https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html" rel="nofollow noreferre -
grid.Call.graphics(C_upviewport,as.integer(n))中的错误
我想创建一个热图,以我希望在R的Seurat中显示的顺序显示。 当我运行第一个数据时,它可以按预期运行 -
CreateSeuratObject-找不到功能
<pre><code>pbmc.atac <- CreateSeuratObject(counts = peaks, assay = "ATAC", project = "10x_ATAC") Error in CreateSeuratOb -
在闪亮的用户界面中渲染多个图
我想制作一个闪亮的应用程序,用户可以在其中选择基因。然后他将看到这些基因的所有图。 选 -
如何在单细胞RNA序列数据的差异基因表达中解释两个协变量?
我有不同年龄和性别的人类数据。与seurat整合后,如何在差异基因表达过程中更好地控制这些混杂因素 -
在for循环中检索R中的Seurat对象名称
我正在研究Seurat上的单细胞rna-seq,并且试图在Seurat对象上进行for()循环以绘制几个平均基因表达的热 -
如何根据目的基因拆分Seurat scRNAseq簇?
我正在使用Seurat软件包对来自scRNAseq数据的细胞进行聚类。 其中一个簇既包含高表达基因A的细胞,又包 -
来自Seurat(R)的IntegrateData函数“向量内存耗尽”
从Seurat程序包运行IntegrateData时,出现以下错误消息。 代码: <pre><code>data.integrated <- IntegrateD -
在r的for()循环中转置和重命名数据帧
我有一个具有以下模式的文件列表:sampleid_samplename_counts.csv代表计数矩阵,其中行名称为细胞名,列中 -
在几个seurat对象上的PercentageFeatureSet()
我有很多seurat对象,这些对象是从GEO下载的计数矩阵创建的。 我想对它们每个使用PercentageFeatureSet() -
制作比Seurat更好的树状图的方法?
我正在尝试从Seurat的聚类功能产生的聚类中创建分层的聚类树。它们的函数BuildClusterTree和PlotClusterTree基 -
在R中集成的seurat对象上运行DoubletFinder的NormalizeData.default中的错误
我正在尝试对由于各种数据集集成而产生的seurat对象运行DoubletFinder。 Seurat对象有2种检测方法:R -
R)将Seurat对象转换为URD
我是R的初学者,试图用URD分析我的scRNA-seq数据以绘制一棵树。 为此,我想将我的seurat对象转换为URD。 -
使用R难以识别SingleCellExperiment对象的序列名称中的模式
我有一个SingleCellExpression对象,正在尝试对其进行质量控制。我要遵循的小插图说要使用以下代码来识别 -
用loomR / seurat读取织机文件时出错
在这里第一次使用.loom文件。我的目的是让计数矩阵稍后在Seurat中工作。 我正在尝试分析从那里下 -
为R中的集成Seurat对象创建分层聚类树状图。
有人知道如何为集成的Seurat对象创建树状图。我可以对非集成对象执行此操作,但是当我尝试执行此操 -
R)Seurat:将样本分组
我正在使用Seurat软件包分析六个单细胞RNA-seq数据集。 通过每个不同的10倍运行获取这6个数据集, -
R)分割VlnPlot
我正在使用R软件包分析化学处理过的和未处理的单细胞RNA序列数据。 我尝试过分割小提琴情节, -
R包'Seurat'崩溃,出现openMP错误
我在这个问题上停留了一段时间。 我已经在Mac(Catelina)上安装了Seurat软件包,但是在调用该库时,R会 -
将超大的R S4 dgCMatrix转换为数据帧
我有一个非常大的稀疏矩阵(4,941,643,682个元素,内存中的5.6Gb R对象),我需要将其转换为3列data.frame( -
VlnPlot的未使用参数
我想用<code>VlnPlot</code>来绘制图形。 <pre><code>VlnPlot(hc_mild_severe_integrated, features.plot = c("CXCL2", " -
无法在服务器上的闪亮应用中渲染图,但可以在本地和Rstudio服务器上工作
我已经被这个问题困扰了好几天了。 我正在构建一个闪亮的应用程序,用户可以在其中选择一个数 -
尝试打开RDS文件时,名称为“ images”的插槽没有错误
我正在尝试打开文件,但似乎遇到了错误。 这是我在RStudio中所做的: <pre><code>file <- readRDS( -
如何更改Seurat Dimplot的默认配色方案?
尊敬的全球专家 你好, 我正在使用Seurat分析整合的单细胞RNA序列数据。 我确认了Dimplot的默认配色