-
Snakemake报告-代码未显示在报告中
我正在使用Snakemake版本5.1'--report'选项来生成html文件。 规则部分应显示每个规则的代码。这也可以链接 -
使用snakemake运行nanofilt
我是第一次使用snakemake。我想使用nanofilt运行一个文件夹中的fastq文件。我想用snakemake运行它,因为我需 -
使用snakemake进行映射读取
我正在尝试使用snakemake运行hisat2映射。 基本上,我使用的是config.yaml文件,如下所示: <pre><code>reads: -
snakemake:管道失败,缺少MissingOutputException
为清楚起见,我必须修改帖子。情况是,一开始我在本地计算机上很好地运行了管道,但是在提交给集 -
如何在Snakemake中正确使用批处理标志来对DAG进行子集化
我有一个用snakemake编写的工作流,该工作流在某一时刻气球到大量输出文件。发生这种情况的原因是, -
Snakemake语法无效
我对snakemake感到疯狂。我尝试了所有类型的方法,使用配置文件等,但是没有任何效果,我无法确切地 -
在Snakemake中将无法预见的文件名包含为通配符
gdc-fastq-splitter将FASTQ文件分成读取组。例如,如果在dummy.fq.gz中包含3个不同的读取组,则将生成三个fastq -
多个目录中的Snakemake文件
我的{dir}是一个变量= / nameX / tissueX / trimmed 这是我使用的代码: <pre><code>HISAT2_INDEX_PREFIX = "/index/gen -
如何从config.yaml中分配多个路径?
我想使用snakemake来分析我的数据集。当我要与不同的生物一起工作时,我希望snakemake在索引基因组时为 -
Snakemake,使用通配符时如何更改输出文件名
我认为我有一个简单的问题,但我不知道如何解决。 我的输入文件夹包含以下文件: <pre><code> -
有关并行化开销和I / O绑定规则的问题
想象一下下面的蛇文件改编自<a href="https://stackoverflow.com/questions/58556939/handling-parallelization">Handling paralleli -
ChildIOException:运行flye后,蛇形错误
因此,当我在snakemake管道中运行flye之后,我在运行其他程序时遇到问题。这是因为flye的输出是一个目录 -
如何在snakemake中解析嵌套的检查点?
我需要在snakemake中使用嵌套的检查点,因为对于每个动态文件,我都必须再次创建其他动态文件。到目 -
snakemake运行纳米抛光,使其等待之前的规则完成
嗨,我可以使用snakemake进行纳米抛光的不同步骤。但是,当我运行它时,它将给出一个错误,即在bwa规 -
如何在Snakemake规则中使用dict值和键
我在Snakemake问题上停留了一段时间。 建议我有一个像这样的字典: <pre><code>dict_A = {A:"id1" -
通配符/正则表达式不能在snakemake中使用?
我是snakemake的初学者。我正在尝试了解如何使用变量和正则表达式。我试图按照教程学习,但是...我仍 -
从CSV定义输入文件
我想定义从csv提取的不同变量的输入文件名。我建立了以下简化示例: 我有一个文件test.csv: -
为什么shellmake不执行shell命令
我已经开始完成snakemake教程,并且从那里开始的第一个工作流程不起作用。这是我使用的规则: <pre -
snakemake扩展无输入文件
我有一些不同的配置,我需要将它们全部组合起来以运行python脚本 <pre class="lang-py prettyprint-override"><c -
yaml.dump似乎在第一个键下的第二行中添加了两个破折号
我正在使用yaml.dump为snakemake配置生成yaml文件,但我不断收到错误<code>Config file must be given as JSON or YAML with -
Snakemake当上游规则失败时如何执行下游规则
很抱歉标题不好-我想不出几句话来最好地解释我的问题。当其中一个规则失败时,我在处理蛇形下游规 -
Snakemake-下载数据的规则
我在实施管道时遇到了一些麻烦,其中第一步是从某些服务器下载数据。据我了解,所有规则都必须具 -
Snakemake通配符意外更改
我是Snakemake的新手,并且遇到了一个使我感到困扰的错误。 我有这样的通配符: <pre class="lang-py prett -
完全缺少snakemake中的规则输入文件
我正在尝试构建一条用于生物合成基因混乱检测的snakemake管道,但正在为错误而苦苦挣扎: <pre><code> -
激活snakemake中的现有conda环境
我如何获取snakemake来激活环境列表中已经存在的conda环境? 我知道您可以将--use-conda与.yaml环境文 -
默认情况下如何将snakemake转到--use-conda?
我的Snakefiles包含“ conda”指令,并且我总是使用<code>--use-conda</code>标志来调用snakemake。 有没有办 -
Snakemake:如何指定shell命令的绝对路径
我正在编写一条使用多个命令的snakemake规则,如下所示: <pre><code>rule RULE1: input: 'path/to/input.file& -
Snakemake使用bamtools合并多个bam文件
我要合并的其他目录中有多个BAM文件。在我的config.yaml文件中,我指出了要合并的文件的路径: <pre>< -
Snakemake“ X秒后丢失文件”错误
每次尝试运行snakemake脚本时,都会出现以下错误: <pre><code> Building DAG of jobs... Using shell: /usr/bin/bash -
Snakemake报告:如何按管道顺序显示结果
我想使用snakemake的<a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/reporting.html" rel="nofollow noreferrer"><code>re