嗨,我可以使用snakemake进行纳米抛光的不同步骤。但是,当我运行它时,它将给出一个错误,即在bwa规则中创建的索引文件尚不可用。给出此错误后,它将创建该错误所在的文件。如果我再次运行snakemake而没有删除文件,则可以正常运行,因为文件在那里。我怎样才能让蛇制造商等到下一个步骤完成呢?我已经用谷歌搜索了解决此问题的任何方法,我只能找到优先级和规则顺序,但我使用了那些,但仍然无法正常工作。这是我使用的脚本。
ruleorder: bwa > nanopolish
rule bwa:
input:
"nanopolish/assembly.fasta"
output:
"nanopolish/draft.fa"
conda:
"envs/nanopolish.yaml"
priority:
50
shell:
"bwa index {input} - > {output}"
rule nanopolish:
input:
"nanopolish/assembly.fasta","zipped/zipped.gz"
output:
"nanopolish/reads.sorted.bam"
conda:
"envs/nanopolish.yaml"
shell:
"bwa mem -x ont2d {input} | samtools sort -o {output} -T reads.tmp"