我是第一次使用snakemake。我想使用nanofilt运行一个文件夹中的fastq文件。我想用snakemake运行它，因为我需要它来创建管道。这是我的蛇制作脚本：

rule NanoFilt:
    input:
        "data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "nanofilt_out.gz"
    shell:
        "gunzip -c {input} | NanoFilt -q 8 | gzip > {output}"

运行它时，出现以下错误消息：

WildcardError in line 2:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'sample'

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我尝试搜索错误消息，但仍然无法弄清楚如何使其工作。谁能帮我吗？

所以我尝试了这里人们告诉我的内容，所以新脚本是这样的：

samples = ['fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8293','fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8292','fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8291','fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8290']
rule all:
    input:
        [f"nanofilt_out_{sample}.gz" for sample in samples]

rule NanoFilt:
    input:
        "zipped/zipped{sample}.gz"
    output:
        "nanofilt_out_{sample}.gz"
    shell:
        "gunzip -c {input} | NanoFilt -q 8 | gzip > {output}" 

但是运行此命令时，出现以下错误消息：

Error in rule NanoFilt:
Removing output files of failed job NanoFilt since they might be corrupted:
nanofilt_out_fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8292.gz
    jobid: 4
    output: nanofilt_out_fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8290.gz
    shell:
        gunzip -c zipped/zippedfastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8290.gz | NanoFilt -q 8 | gzip > nanofilt_out_fastqrunid4d89b52e7b9734bd797205037ef201a30be415c8290.gz
        (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

有人知道如何解决此问题吗？