“ for”循环意味着将文件解析N次（其中N是列表中的染色体/重叠群数）。这是使用awk的不可知方法，该方法只会解析一次文件：

awk -F '_' '{ print > $1 ".txt" }' chunk_names.txt

如果在数字后面加上_，则可以区分chr1_和例如chr10_。要包含X和Y，只需在循环中包含它们

for i in {1..22} X Y
do 
    grep "chr${i}_" chunk_names.txt > chr$i.txt 
done 

要仅在行首进行搜索，您可以在模式中添加前导^

    grep "^chr${i}_" chunk_names.txt > chr$i.txt 

有关您的尝试的说明：

grep chr$i在行中的任何位置搜索模式。 Shell将变量$i的值替换为i，因此您得到chr1，chr2等。

如果您将模式用双引号括为grep "chr$i"，则Shell不会对字符串进行任何文件名加粗或分割操作，但仍会扩展变量。就您而言，它与不带引号的情况相同。

如果使用单引号，则外壳程序将按原样使用文字字符串，因此，您始终搜索包含chr$i（而不是chr1等）的行，该行不会出现在文件中

有关报价的说明：

在您的情况下，我提议的解决方案中的引号不是必需的，但是将所有内容都引为好习惯。如果您的模式将包含Shell专用的空格或字符，则引号会有所不同。

示例：

如果文件包含chr1*而不是chr1_，则模式chr${i}*将被匹配文件列表取代。

在创建输出文件chr1.txt等后，请尝试以下命令

$ i=1; echo chr$i*
chr10.txt chr11.txt chr12.txt chr13.txt chr14.txt chr15.txt chr16.txt chr17.txt chr18.txt chr19.txt chr1.txt
$ i=1; echo "chr$i*"
chr1*

在第一种情况下，grep命令

    grep chr${i}* chunk_names.txt

将扩展为

    grep chr10.txt chr11.txt chr12.txt chr13.txt chr14.txt chr15.txt chr16.txt chr17.txt chr18.txt chr19.txt chr1.txt chunk_names.txt

它将在文件chr10.txt ... chr11.txt和chr1.txt中搜索模式chunk_names.txt。